Novel Chromosome 18 Polymorphism Identified through NIPT: A Case Report

Sintesi Tecnica: Identificato un nuovo polimorfismo del cromosoma 18 tramite NIPT

Definizione del Problema
Il test prenatale non invasivo (NIPT) che utilizza il DNA fetale libero da cellule (cfDNA) è diventato uno strumento di screening standard per le comuni aneuploidie autosomiche, inclusa la Trisomia 18 (sindrome di Edwards). Tuttavia, il cfDNA è una modalità di screening con un tasso noto di falsi positivi e non può confermare o caratterizzare definitivamente la natura delle anomalie cromosomiche. Questo caso clinico affronta uno scenario specifico in cui una paziente ha ricevuto un risultato NIPT "ad alto rischio" per la Trisomia 18, complicato dall'incapacità dell'algoritmo di screening di completare l'analisi a causa di un pattern di dati cromosomici interferente. Il problema centrale riguarda il potenziale di interpretazione errata di tali risultati di screening, che può portare a un'ansia inutile e a decisioni potenzialmente irreversibili sulla gestione della gravidanza (come l'interruzione) senza un test diagnostico di conferma. Inoltre, il caso evidenzia la sfida nell'interpretare nuovi varianti del numero di copie (CNV) che non si adattano ai modelli fenotipici stabiliti.

Metodologia
Lo studio utilizza un disegno di caso singolo riguardante una paziente di 25 anni, G1P0, presentatasi a 15 settimane e 3 giorni di gestazione. La metodologia ha seguito un approccio diagnostico a più livelli:

1. Screening Iniziale: Revisione di un rapporto esterno di cfDNA che indicava un alto rischio per la Trisomia 18, sebbene il rapporto annotasse che il test non poteva essere completato a causa di interferenza dei dati.
2. Conferma Diagnostica: La paziente è stata sottoposta ad amniocentesi a 15s3d.
3. Analisi Genetica: Il campione di liquido amniotico è stato sottoposto a tre analisi distinte:
   • Ibridazione in situ fluorescente (FISH): Eseguita su amniociti non coltivati per escludere la standard Trisomia 18.
   • Analisi Cromosomica (Cariotipo): Eseguita per identificare i pattern di bandeggio.
   • Analisi del Microarray Cromosomico (CMA): Nello specifico, microarray SNP, per caratterizzare la natura specifica e la dimensione della variante.
4. Correlazione Materna: Il sangue della paziente è stato analizzato tramite CMA per determinare il pattern di ereditarietà della variante identificata.
   • Revisione della Letteratura e dei Database: La variante identificata è stata incrociata con il catalogo Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), il Clinical Genome Resource (ClinGen), il database DECIPHER, l'UCSC Genome Browser e il Database of Genomic Variants (DGV) per valutare la patogenicità e la frequenza.

Risultati Chiave

• Identificazione della Variante: Mentre la FISH era normale per la Trisomia 18, l'analisi cromosomica ha rivelato un pattern di bandeggio anomalo sul braccio lungo del cromosoma 18 (18q). Il microarray SNP ha confermato una triplicazione di 5,2 Mb (che risulta in quattro copie totali) della regione chr18:36,723,898–41,924,037 (GRCh37).
• Ereditarietà: La triplicazione è risultata essere di origine materna; la madre e il feto condividevano l'identica variante.
• Classificazione: A causa della mancanza di segnalazioni precedenti in popolazioni sane o database di malattie, la variante è stata classificata come una Variante di Significato Incerto (VUS) secondo gli standard dell'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Gli autori hanno osservato che, sebbene l'ereditarietà da un genitore non affetto suggerisca una variante familiare benigna, non si poteva escludere l'espressione variabile.
• Correlazione Fenotipica:
  • Materna: La madre è fenotipicamente normale, senza malformazioni fisiche o anomalie dello sviluppo.
  • Fetale: Le ecografie anatomiche seriali (a 15 e 20 settimane) hanno mostrato un feto anatomicamente normale, senza marker per la Trisomia 18 (es. assenza di osso nasale ipoplastico, micrognazia o ispessimento della piega nucale).
  • Esito: La gravidanza è terminata con un decesso intrauterino fetale a 21 settimane a causa di rottura prematura delle membrane. L'autopsia post-mortem del feto, della placenta e del cordone ombelicale non ha rivelato reperti caratteristici della Trisomia 18 o di altre sindromi cromosomiche.
• Interferenza NIPT: Un'analisi retrospettiva condotta da un genetista di QNatal ha confermato che lo specifico pattern di dati cromosomici associato a questa triplicazione ha interferito con la capacità dell'algoritmo standard di cfDNA di rilevare guadagni o perdite, portando a un rapporto inconclusivo o "impossibile da completare" piuttosto che a un positivo definitivo.

Contributi Chiave

• Descrizione di una Variante Nuova: L'articolo riporta il primo caso noto di una specifica triplicazione di 5,2 Mb nella regione 18q12.2q12.3 (che contiene i geni PIK3C3, RIT2 e SYT4) che si presenta senza anomalie fenotipiche né nella madre portatrice né nel feto.
• Caratterizzazione Genomica: Gli autori dettagliano che la regione triplicata si trova ampiamente all'interno della banda eterocromatica 18q12.3, la quale è improbabile che subisca una trascrizione frequente, spiegando potenzialmente l'assenza di patogenicità nonostante l'aumento del numero di copie.
• Dimostrazione del Workflow Clinico: Il caso serve come dimostrazione pratica della necessità di test diagnostici invasivi (amniocentesi con CMA) a seguito di risultati NIPT anormali o inconclusivi.

Significatività e Rivendicazioni
L'articolo sostiene modestamente che questo caso sottolinea l'importanza critica dei test di conferma quando gli screening prenatali restituiscono risultati anormali o inconclusivi. Gli autori enfatizzano che:

1. Limitazioni del NIPT: Il cfDNA è uno strumento di screening, non diagnostico; specifiche varianti del numero di copie possono interferire con gli algoritmi di screening, portando a falsi allarmi o fallimenti tecnici.
2. Implicazioni di Counseling: Gli ostetrici devono comunicare i limiti del NIPT, in particolare il valore predittivo positivo (PPV) che può essere basso fino al 15% in alcune stratificazioni, per evitare che le pazienti prendano decisioni irreversibili basandosi esclusivamente sui dati di screening.
3. Interpretazione della Variante: L'identificazione di una nuova triplicazione senza associazione fenotipica espande lo spettro noto delle anomalie del cromosoma 18 e suggerisce che non tutti i guadagni di numero di copie in questa regione sono patogeni.
4. Necessità di Ulteriore Caratterizzazione: Gli autori invocano una continua caratterizzazione molecolare delle anomalie cromosomiche per determinare meglio il significato clinico di specifici genotipi, notando che questa specifica triplicazione appare come una rara, possibilmente benigna, variante familiare.

L'articolo conclude che una comunicazione efficace e l'offerta di una conferma diagnostica sono essenziali per guidare il counseling, specialmente nei casi in cui i risultati dello screening siano ambigui o in cui vengano rilevate nuove varianti.