Novel Chromosome 18 Polymorphism Identified through NIPT: A Case Report

Resumo Técnico: Identificação de Novo Polimorfismo no Cromossomo 18 através de NIPT

Definição do Problema
O teste pré-natal não invasivo (NIPT), utilizando DNA fetal livre de células (cfDNA), tornou-se uma ferramenta de rastreio padrão para aneuploidias autossômicas comuns, incluindo a Trissomia 18 (síndrome de Edwards). No entanto, o cfDNA é uma modalidade de rastreio com uma taxa conhecida de falsos positivos e não pode confirmar ou caracterizar definitivamente a natureza das anormalidades cromossômicas. Este relato de caso aborda um cenário clínico específico onde uma paciente recebeu um resultado de NIPT de "alto risco" para Trissomia 18, o qual foi complicado pela incapacidade do algoritmo de rastreio em completar a análise devido a um padrão de dados cromossômicos interferente. O problema central envolve o potencial de interpretação equivocada de tais resultados de rastreio, levando a ansiedade desnecessária e potencialmente a decisões de gestão de gravidez irreversíveis (como a interrupção) sem a realização de testes diagnósticos confirmatórios. Além disso, o caso destaca o desafio de interpretar novas variantes de número de cópias (CNVs) que não se ajustam aos padrões fenotípicos estabelecidos.

Metodologia
O estudo utiliza um desenho de relato de caso único envolvendo uma paciente G1P0 de 25 anos, apresentando-se com 15 semanas e 3 dias de gestação. A metodologia seguiu uma abordagem diagnóstica de múltiplos níveis:

1. Rastreio Inicial: Revisão de um relatório externo de cfDNA indicando alto risco para Trissomia 18, embora o relatório tenha observado que o teste não pôde ser concluído devido a interferência de dados.
2. Confirmação Diagnóstica: A paciente foi submetida a uma amniocentese às 15s3d.
3. Análise Genética: A amostra de líquido amniótico foi submetida a três análises distintas:
   • Hibridização in situ por fluorescência (FISH): Realizada em amniócitos não cultivados para excluir a Trissomia 18 padrão.
   • Análise de Cromossomos (Cariotipagem): Realizada para identificar padrões de bandas.
   • Análise de Microarray Cromossômico (CMA): Especificamente microarray de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), para caracterizar a natureza específica e o tamanho da variante.
4. Correlação Materna: O sangue da paciente foi analisado via CMA para determinar o padrão de herança da variante identificada.
5. Revisão de Literatura e Bancos de Dados: A variante identificada foi confrontada com o catálogo Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), o Clinical Genome Resource (ClinGen), o banco de dados DECIPHER, o UCSC Genome Browser e o Database of Genomic Variants (DGV) para avaliar a patogenicidade e a frequência.

Principais Resultados

• Identificação da Variante: Embora o FISH tenha sido normal para Trissomia 18, a análise cromossômica revelou um padrão de bandas anormal no braço longo do cromossomo 18 (18q). O microarray de SNP confirmou uma triplicação de 5,2 Mb (resultando em quatro cópias totais) da região chr18:36,723,898–41,924,037 (GRCh37).
• Herança: A triplicação foi identificada como de herança materna; a mãe e o feto compartilhavam a mesma variante idêntica.
• Classificação: Devido à ausência de relatos prévios em populações saudáveis ou bancos de dados de doenças, a variante foi classificada como uma Variante de Significado Incerto (VUS), de acordo com os padrões do American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Os autores observaram que, embora a herança de um progenitor não afetado sugira uma variante familiar benigna, a expressividade variável não pôde ser descartada.
• Correlação Fenotípica:
  • Materna: A mãe é fenotipicamente normal, sem malformações físicas ou anormalidades de desenvolvimento.
  • Fetal: Ultrassonografias anatômicas seriadas (às 15 e 20 semanas) mostraram um feto anatomicamente normal, sem marcadores de Trissomia 18 (ex: ausência de osso nasal hipoplásico, micrognatia ou prega nucal espessada).
  • Desfecho: A gravidez terminou em óbito fetal intrauterino às 21 semanas devido a ruptura prematura de membranas pré-termo. A autópsia pós-morte do feto, placenta e cordão umbilical não revelou achados característicos de Trissomia 18 ou outras síndromes cromossômicas.
• Interferência no NIPT: Uma análise retrospectiva realizada por um geneticista da QNatal confirmou que o padrão de dados cromossômicos específico associado a esta triplicação interferiu na capacidade do algoritmo de cfDNA padrão de detectar ganhos ou perdas, levando a um relatório inconclusivo ou de "incapacidade de conclusão" em vez de um positivo definitivo.

Principais Contribuições

• Descrição de Nova Variante: O artigo relata o primeiro caso conhecido de uma triplicação específica de 5,2 Mb na região 18q12.2q12.3 (contendo os genes PIK3C3, RIT2 e SYT4) que se apresenta sem anormalidades fenotípicas, tanto na mãe portadora quanto no feto.
• Caracterização Genômica: Os autores detalham que a região triplicada localiza-se amplamente dentro da banda heterocromática 18q12.3, que provavelmente não sofre transcrição frequente, o que pode explicar a ausência de patogenicidade, apesar do aumento do número de cópias.
• Demonstração de Fluxo de Trabalho Clínico: O caso serve como uma demonstração prática da necessidade de testes diagnósticos invasivos (amniocentese com CMA) após resultados de NIPT anormais ou inconclusivos, particularmente quando o relatório de rastreio indica interferência técnica.

Significância e Alegações
O artigo alega modestamente que este caso ressalta a importância crítica de testes confirmatórios quando os rastreios pré-natais retornam resultados anormais ou inconclusivos. Os autores enfatizam que:

1. Limitações do NIPT: O cfDNA é uma ferramenta de rastreio, não um diagnóstico, e variantes específicas de número de cópias podem interferir nos algoritmos de rastreio, levando a falsos alarmes ou falhas técnicas.
2. Implicações de Aconselhamento: Obstetras devem comunicar as limitações do NIPT, especificamente o valor preditivo positivo (VPP), que pode ser tão baixo quanto 15% em certas estratificações, para evitar que as pacientes tomem decisões irreversíveis baseadas apenas em dados de rastreio.
3. Interpretação de Variantes: A identificação de uma nova triplicação sem fenótipo associado expande o espectro conhecido das anormalidades do cromossomo 18 e sugere que nem todos os ganhos de número de cópias nesta região são patogênicos.
4. Necessidade de Caracterização Contínua: Os autores defendem a continuidade da caracterização molecular das anormalidades cromossômicas para melhor determinar a significância clínica de genótipos específicos, observando que esta triplicação específica parece ser uma variante familiar rara e possivelmente benigna.

O artigo conclui que a comunicação eficaz e a oferta de confirmação diagnóstica são essenciais para orientar o aconselhamento, particularmente em casos onde os resultados de rastreio são ambíguos ou onde novas variantes são detectadas.