Novel Chromosome 18 Polymorphism Identified through NIPT: A Case Report

Technische Samenvatting: Nieuwe chromosoom 18-polymorfie geïdentificeerd via NIPT

Probleemstelling
Niet-invasieve prenatale screening (NIPT) met behulp van celvrij fetale DNA (cfDNA) is een standaard screeningsinstrument geworden voor veelvoorkomende autosomale aneuploïden, waaronder Trisomie 18 (Edwards syndroom). Echter, cfDNA is een screeningsmodaliteit met een bekend fout-positief percentage en kan de aard van chromosomale afwijkingen niet definitief bevestigen of karakteriseren. Deze casus beschrijft een specifiek klinisch scenario waarbij een patiënt een "hoog risico" NIPT-resultaat ontving voor Trisomie 18, wat werd gecompliceerd door het onvermogen van het screeningsalgoritme om de analyse te voltooien vanwege een interfererend chromosomaal datapatroon. Het kernprobleem betreft de potentiële misinterpretatie van dergelijke screeningsresultaten, wat kan leiden tot onnodige angst en potentieel onomkeerbare beslissingen over het zwangerschapsbeheer (zoals terminatie) zonder bevestigende diagnostische tests. Bov�imaar benadrukt deze casus de uitdaging bij het interpreteren van nieuwe kopiegetalvarianten (CNV's) die niet voldoen aan gevestigde fenotypische patronen.

Methodologie
De studie maakt gebruik van een single-case report design betreffende een 25-jarige G1P0-patiënte die zich presenteerde bij een zwangerschapsduur van 15 weken en 3 dagen. De methodologie volgde een meerlagige diagnostische aanpak:

1. Initiële screening: Beoordeling van een extern cfDNA-rapport dat een hoog risico op Trisomie 18 aangaf, hoewel het rapport vermeldde dat de test niet kon worden voltooid vanwege data-interferentie.
2. Diagnostische bevestiging: De patiënte onderging een amniocentese op 15w3d.
3. Genetische analyse: Het vruchtwatermonster werd onderworpen aan drie afzonderlijke analyses:
   • Fluorescentie in situ hybridisatie (FISH): Uitgevoerd op ongecultiveerde amniocyten om standaard Trisomie 18 uit te sluiten.
   • Chromosoomanalyse (Karyotypering): Uitgevoerd om bandingspatronen te identificeren.
   • Chromosomale Microarray Analyse (CMA): Specifiek Single Nucleotide Polymorphism (SNP) microarray, om de specifieke aard en omvang van de variant te karakteriseren.
4. Maternale correlatie: Het bloed van de patiënte werd via CMA geanalyseerd om het overervingspatroon van de geïdentificeerde variant te bepalen.
5. Literatuur- en databaseonderzoek: De geïdentificeerde variant werd gekruiscontroleerd met de Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) catalogus, de Clinical Genome Resource (ClinGen), de DECIPHER-database, de UCSC Genome Browser en de Database of Genomic Variants (DGV) om pathogeniteit en frequentie te beoordelen.

Belangrijkste Resultaten

• Identificatie van de variant: Terwijl FISH normaal was voor Trisomie 18, onthulde chromosoomanalyse een abnormaal bandingspatroon op de lange arm van chromosoom 18 (18q). SNP-microarray bevestigde een 5,2 Mb triplicatie (resulterend in vier kopieën in totaal) van de regio chr18:36,723,898–41,924,037 (GRCh37).
• Overerving: De triplicatie was maternel overgeërfd; zowel de moeder als het foetus deelden de identieke variant.
• Classificatie: Vanwege het gebrek aan eerdere rapportages in gezonde populaties of ziekte databases, werd de variant geclassificeerd als een Variant of Uncertain Significance (VUS) volgens de standaarden van de American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). De auteurs merkten op dat hoewel overerving van een niet-aangedane ouder wijst op een benigne familiale variant, variabele expressiviteit niet kon worden uitgesloten.
• Fenotypische correlatie:
  • Maternaal: De moeder is fenotypisch normaal met geen fysieke malformaties of ontwikkelingsstoornissen.
  • Fetaal: Seriële anatomische echografieën (op 15w en 20w) toonden een anatomisch normale foetus zonder markers voor Trisomie 18 (bijv. geen hypoplastische neusbeen, micrognathia of verdikte nuchale plooi).
  • Uitkomst: De zwangerschap eindigde in een intra-uteriene foetale dood op 21 weken als gevolg van premature ruptuur van de membranen. Post-mortem autopsie van de foetus, placenta en navelstreng toonde geen bevindingen die karakteristiek zijn voor Trisomie 18 of andere chromosomale syndromen.
• NIPT-interferentie: Retrospectieve analyse door een QNatal-geneticus bevestigde dat het specifieke chromosomale datapatroon geassocieerd met deze triplicatie het vermogen van het standaard cfDNA-algoritme om winst of verlies te detecteren heeft verstoord, wat leidde tot een onconclusief of "niet voltooibaar" rapport in plaats van een definitief positief resultaat.

Belangrijkste Bijdragen

• Beschrijving van een nieuwe variant: Het artikel rapporteert de eerste bekende instantie van een specifieke 5,2 Mb triplicatie in de 18q12.2q12.3 regio (bevattende genen PIK3C3, RIT2 en SYT4) die optreedt zonder fenotypische afwijkingen bij noch de dragende moeder, noch de foetus.
• Genomische karakterisering: De auteurs beschrijven in detail dat de getripliceerde regio grotendeks binnen de heterocromatische 18q12.3 band ligt, die waarschijnlijk niet frequent transcriptie ondergaat, wat de afwezigheid van pathogeniteit verklaart ondanks de toename in kopiegetal.
• Demonstratie van klinische workflow: De casus dient als een praktische demonstratie van de noodzaak van invasieve diagnostische tests (amniocentese met CMA) na abnormale of inconclusieve NIPT-resultaten, in het bijzonder wanneer het screeningsrapport technische interferentie aangeeft.

Betekenis en Claims
Het artikel claimt bescheiden dat deze casus de cruciale belangrijkheid onderstreept van bevestigende tests wanneer prenatale screenings abnormaal of inconclusief terugkeren. De auteurs benadrukken dat:

1. NIPT-beperkingen: cfDNA is een screeningsinstrument, geen diagnostisch instrument; specifieke kopiegetalvarianten kunnen screeningsalgoritmen verstoren, wat leidt tot valse alarmen of technische defecten.
2. Counseling-implicaties: Verloskundigen moeten de beperkingen van NIPT communiceren, specifiek de positieve voorspellende waarde (PPV) die in bepaalde stratificaties slechts 15% kan zijn, om patiënten te behoeden voor het nemen van onomkeerbare beslissingen op basis van enkel screeningsgegevens.
3. Interpretatie van de variant: De identificatie van een nieuwe triplicatie zonder geassocieerd fenotype breidt het bekende spectrum van chromosoom 18-afwijkingen uit en suggereert dat niet alle kopiegetalwinsten in deze regio pathogeen zijn.
4. Noodzaak tot voortgezette karakterisering: De auteurs pleiten voor voortgezette moleculaire karakterisering van chromosomale afwijkingen om de klinische betekenis van specifieke genotypes beter te bepalen, waarbij zij opmerken dat deze specifieke triplicatie een zeldzame, mogelijk benigne familiale variant lijkt te zijn.

Het artikel concludeert dat effectieve communicatie en het aanbieden van diagnostische bevestiging essentieel zijn om begeleiding te sturen, vooral in gevallen waar screeningsresultaten ambigu zijn of waar nieuwe varianten worden gedetecteerd.