Uncovering linezolid resistance in Enterococcus isolates from Tunisian traditional healthy chickens: A One health surveillance study

Negli angoli silenziosi della Tunisia rurale, prospera un tipo di agricoltura differente. Non si tratta delle vaste operazioni industriali che si vedono in molte parti del mondo, ma di un allevamento avicolo tradizionale su piccola scala, dove le famiglie allevano polli per il proprio consumo o per la vendita locale. Questi uccelli vivono in stretto contatto con i loro proprietari e l'ambiente circostante, una configurazione che definisce una parte significativa dell'economia locale. Nelle viscere di questi polli sani vivono batteri chiamati enterococchi. Per la maggior parte, questi microbi sono residenti innocui, parte della comunità naturale all'interno dell'animale. Tuttavia, alcuni ceppi di enterococchi possono causare gravi infezioni nell'uomo, e una preoccupazione crescente è che questi batteri stiano imparando a ignorare i medicinali che i medici usano per curarli. Tra gli strumenti più potenti nell'arsenale di un medico c'è un antibiotico chiamato linezolid, un farmaco riservato alle infezioni più difficili quando altri trattamenti falliscono. Se i batteri imparassero a resistere a questa ultima linea di difesa, le conseguenze per la salute pubblica potrebbero essere gravi. La domanda che i ricercatori si pongono è se questi batteri resistenti si stiano nascondendo nei luoghi che meno ci aspettiamo, come le fattorie tradizionali che riforniscono di cibo le comunità locali.

Un team di scienziati ha intrapreso un percorso per investigare questa possibilità, guardando direttamente alle intestinali dei polli provenienti da otto diverse fattorie tradizionali nel nord della Tunisia. Tra ottobre 2020 e luglio 2021, hanno raccolto campioni dai ceca, ovvero le sacche alla fine dell'intestino del pollo, da 107 uccelli sani. I ricercatori non hanno utilizzato alcuna anestesia o procedure speciali; hanno semplicemente raccolto i campioni immediatamente dopo che i polli erano stati macellati per il consumo, una pratica routinaria della zona. Hanno poi coltivato i batteri da questi campioni in un laboratorio, identificando le tipologie specifiche di enterococchi presenti e testando la loro reazione a una vasta gamma di antibiotici. L'obiettivo era vedere se uno qualsiasi di questi batteri avesse sviluppato resistenza al linezolid o ad altri farmaci, e comprendere la composizione genetica di eventuali ceppi resistenti trovati.

Lo studio ha rivelato che, sebbene i polli fossero sani, i loro batteri intestinali non erano del tutto innocenti. Dei 105 ceppi batterici distinti identificati, un numero piccolo ma significativo mostrava resistenza al linezolid. Nello specifico, sette campioni, che rappresentavano circa il 6,5 percento del totale, contenevano batteri in grado di sopravvivere alla presenza di questo potente farmaco. Questi batteri resistenti appartenevano a tre specie diverse: Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium ed Enterococcus gallinarum. Ciò che ha reso questa scoperta particolarmente importante è stato il meccanismo genetico alla base della resistenza. Ognuno di questi sette ceppi resistenti portava un gene specifico chiamato optrA. Questo gene agisce come uno scudo, permettendo ai batteri di pompare l'antibiotico fuori dalle loro cellule prima che possa fare qualsiasi danno. I ricercatori non hanno trovato altri geni di resistenza noti, come cfr o poxtA, suggerendo che optrA fosse l'unico motore di questa resistenza in questi particolari polli.

La diffusione di questi batteri resistenti non era limitata a un singolo luogo. I sette ceppi resistenti sono stati trovati in tre fattorie diverse, alcune delle quali separate da una distanza di 57 chilometri. In un caso sorprendente, due polli di fattorie così distanti tra loro presentavano entrambi batteri Enterococcus faecium che non solo erano resistenti al linezolid, ma erano anche geneticamente identici, appartenenti a un tipo di famiglia appena identificato noto come ST2516. Ciò suggerisce che lo stesso ceppo di batteri si stia muovendo tra le diverse fattorie, probabilmente attraverso l'ambiente o il movimento di persone e animali. I ricercatori hanno inoltre notato che questi batteri resistenti non erano solo resistenti al linezolid; erano spesso resistenti a molti altri antibiotici comuni, tra cui la tetraciclina e la ciprofloxacina, rendendoli ciò che è noto come multidrug-resistenti.

Oltre alla resistenza agli antibiotici, i ricercatori hanno esaminato se questi batteri portassero geni che li rendono più pericolosi per l'uomo, noti come fattori di virulenza. Hanno scoperto che la maggior parte dei ceppi resistenti al linezolid portava un gene chiamato hyl, che produce un enzima capace di scomporre le barriere tissutali nel corpo. Questa capacità aiuta i batteri a invadere e diffondersi all'interno di un ospite. Uno dei ceppi resistenti portava anche un gene chiamato agg, che aiuta i batteri ad aggregarsi e ad attaccarsi alle cellule. Sebbene i polli stessi non mostrassero segni di malattia, la presenza di questi tratti aggressivi in batteri capaci di sopravvivere a farmaci potenti solleva preoccupazioni su quanto facilmente possano passare dalla fattoria all'uomo. Gli allevatori hanno riferito di non aver mai usato antibiotici su questi polli, eppure la resistenza era comunque presente. Ciò punta alla possibilità che i batteri stiano acquisendo geni di resistenza dall'ambiente, forse attraverso fonti d'acqua contaminate o rifiuti alimentari che i polli consumano, piuttosto che da un trattamento medico diretto.

I risultati dipingono l'immagine di una diffusione a "basso rumore", dove batteri pericolosi circolano silenziosamente nei sistemi di allevamento tradizionali che spesso non sono monitorati. A differenza delle grandi aziende industriali dove l'uso di antibiotici è tracciato, queste piccole operazioni gestite dalle famiglie operano con meno supervisione, creando un serbatoio nascosto per i batteri resistenti. Lo studio evidenzia che la resistenza al linezolid, un farmaco di ultima istanza, non è confinata agli ospedali o all'allevamento intensivo, ma è presente nell'economia rurale tradizionale. I ricercatori sottolineano che, senza migliori misure di sorveglianza e controllo in questi ambienti, questi batteri resistenti potrebbero continuare a diffondersi, raggiungendo infine l'uomo attraverso la catena alimentare o il contatto diretto. La scoperta del gene optrA in Enterococcus gallinarum in questa regione segna la prima volta che questa specifica resistenza è stata trovata in questo tipo di batteri nell'avicoltura tradizionale africana, aggiungendo un nuovo livello alla comprensione globale di come la resistenza agli antibiotici viaggi.

In definitiva, il lavoro sottolinea la necessità di un approccio più ampio alla salute che colleghi il benessere degli animali, dell'ambiente e delle persone. La presenza di questi ceppi resistenti in polli sani suggerisce che la barriera tra la salute animale e quella umana sia più sottile di quanto si pensasse. Identificando queste minacce nascoste nell'allevamento tradizionale, lo studio fornisce un avvertimento cruciale: per proteggere l'efficacia dei medicinali salvavita, il monitoraggio deve estendersi oltre la clinica e penetrare negli spazi silenziosi e non regolamentati dove il nostro cibo viene allevato. I dati raccolti qui servono come un appello all'azione per una sorveglianza più rigorosa, assicurando che la diffusione di questi batteri resistenti possa essere rilevata e gestita prima che diventi una crisi per la salute pubblica.