Prevalence of Anelloviruses in Nasopharyngeal Samples from SARS- CoV-2 Screened Individuals: A Cross-sectional Study

技術要約：SARS-CoV-2スクリーニングを受けた検体におけるアネロウイルス科の有病率

問題提起
ヒト・ビローム（ウイルス叢）は、古典的な病原体だけでなく、アネロウイルス科やレドンドウイルス科（ReDoV）を含む、広範な共生および持続的な小型DNAウイルスの集合体で構成されている。これらのウイルスは鼻咽頭粘膜に持続的に定着していることが知られているが、その病原学的意義や生態学的相互作用は未解決のままである。先行研究では、ReDoVと歯周炎や口腔内炎症との関連が示唆されており、一方でアネロウイルス（特にTTV）は免疫能のバイオマーカーとして認識されている。しかし、特にSARS-CoV-2によるスクリーニングが行われる現代の臨床現場において、これらウイルス科の共存、生態学的相互作用、および臨床的関連性を理解する上での大きな空白が存在する。本研究は、呼吸器におけるアネロウイルス科とReDoVの共検出、およびそれらと臨床症状や口腔健康指標との関連に関する地域特異的なデータの必要性に応えるものである。

方法論
本横断的研究では、イラン医科大学に所属するヘルスセンターおよび病院において、2023年3月1日から2023年8月30日までの間にSARS-CoV-2スクリーニングを受けた412件の鼻咽頭スワブ検体を分析した。

• データ収集： 人口統計学的データ、SARS-CoV-2 RT-PCRの結果、および臨床症状を機関のデータベースから取得した。口腔健康（特に歯肉の問題）およびその他の症状に関する追加データは、構造化された質問票およびインタビューを通じて取得した。
• ウイルス検出：
  • ReDoVs： 保存されたCapsid/Repインタージェニック領域（187 bpの産物）を標的としたPCRにより、ウイルスDNAを抽出し増幅した。
  • アネロウイルス科： 2段階のネステッドPCR法を用いて検出を行った。第1段階では、保存されたゲノム配列を増幅するためにユニバーサルプライマーを使用した。第2段階では、Torque teno virus (TTV)、Torque teno mini virus (TTMV)、およびTorque teno mid virus (TTMDV)を区別するために、種特異的プライマーを用いたセミネステッドまたはネステッドPCRを用いた。
• 統計解析： ウイルスの陽性、臨床症状、および口腔健康の間の関連性は、カイ二乗検定、フィッシャーの正確検定、および効果量計算（Cramér's V）を用いて評価した。多変量ロジスティック回帰モデルを構築し、感染の独立した予測因子を特定した。モデルの性能は、受信者動作特性（ROC）曲線およびAUC（曲線下面積）指標を用いて評価した。

主な結果

• 有病率： SARS-CoV-2は検体の26.5%で検出された。ReDoVは22.1%で検出された。アネロウイルス科は高い有病率を示した（TTV: 81.6%、TTMV: 47.8%、TTMDV: 43.9%）。
• 共検出パターン： SARS-CoV-2の感染状態と、ReDoVまたはいずれのアネロウイルス科の存在との間に有意な関連は見られなかった。しかし、DNAウイルス間では有意なウイルス内共検出が観察された。ReDoVの陽性は、TTMVおよびTTMDVと有意に相関していた。また、TTMVとTTMDVの間、およびTTVとTTMDVの間にも強い関連が認められた。
• 臨床的関連性：
  • SARS-CoV-2： 感染は、発熱、頭痛、悪寒、骨の痛み、および乾性咳嗽を含む急性呼吸器症状と強く関連していた（すべて p < 0.0001）。
  • ReDoVおよびTTMV： ReDoVの陽性は、自己申告による歯肉の問題と強固に関連していた（ReDoV陽性群では63.7%、陰性群では14.6%；p < 0.0001）。TTMVも歯肉の問題と緩やかではあるが有意な関連を示した（p = 0.015）。
  • アネロウイルス科（TTV、TTMDV）： TTVまたはTTMDVの存在と一貫して関連する急性呼吸器症状は認められなかった。
• 予測モデリング：
  • SARS-CoV-2： ロジスティック回帰により、発熱と年齢が独立した予測因子として特定された（AUC = 0.812）。
  • ReDoV： 歯肉の問題が強力な独立した予測因子として浮上した（調整オッズ比 [Adjusted OR] = 12.19; AUC = 0.817）。
  • アネロウイルス科： TTV、TTMV、およびTTMDVのモデルは、低い識別能を示した（AUC 0.62–0.66）。多重比較補正後、有意な予測因子は特定されなかった。

意義および主張
本研究は、アネロウイルス科の呼吸器における普遍性を強調し、SARS-CoV-2やReDoVのステータスに関わらず、それらが広く持続的に存在することを裏付けている。著者らは、以下の通り、小型環状DNAウイルスの明確に異なる生態学的ニッチを浮き彫りにする知見であると主張している。

1. 口腔健康の指標としてのReDoVs： ReDoVと歯肉問題との強固な関連は、ReDoVが炎症を起こした口腔環境において濃縮されており、歯周疾患のバイオマーカーとして機能する可能性があるという仮説を補強するものである。
2. 共生体としてのアネロウイルス科： アネロウイルス科に関する有意な臨床的予測因子の欠如、および高い有病率とウイルス科内での共検出は、これらが急性呼吸器疾患の能動的な寄与因子というよりも、主に呼吸器ビロームの共生構成要素として機能していることを示唆している。
3. ビロームの複雑性： 本研究は、SARS-CoV-2とReDoVがそれぞれ固有の臨床的予測因子（発熱および歯肉問題）を持つ一方で、アネロウイルス科はこの文脈において急性臨床マーカーとは独立して作用していることを示すことで、宿主・ビローム・疾患の関係に関するより広範な議論に寄与している。

著者らは、これらのウイルスは上気道の安定したコアを形成しているものの、彼らの宿主免疫および口腔・呼吸器健康との動的な相互作用を完全に解明するためには、定量的なウイルス量および縦断的なサンプリングを取り入れた今後の研究が必要であると結論づけている。