Phenotypic and Genotypic Characterization of Antimicrobial-Resistant Bacillus spp. Isolated from Fresh Vegetables in Ogun State, Nigeria: Relevance to Foodborne AMR
Cette étude révèle que les légumes frais dans l'État d'Ogun, au Nigeria, sont contaminés par des *Bacillus* spp. résistants aux antimicrobiens présentant une forte résistance à des antibiotiques critiques et porteurs de gènes de virulence et de résistance tels que *blaTEM*, soulignant un risque important pour la sécurité alimentaire qui nécessite une surveillance accrue et des pratiques d'hygiène renforcées.
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Les légumes frais sont la pierre angulaire d'une alimentation saine, offrant des nutriments essentiels et des saveurs vibrantes. Pourtant, parce qu'ils sont souvent consommés crus ou avec une cuisson minimale, ils peuvent également agir comme des vecteurs silencieux pour une vie microscopique. Contrairement aux aliments cuits, où la chaleur détruit de nombreux organismes nocifs, les produits crus offrent un chemin direct pour que les bactéries pénètrent dans le corps humain. Parmi ces voyageurs microscopiques figurent les espèces de Bacillus, un groupe de bactéries présentes naturellement dans le sol, l'eau et sur les plantes. Si de nombreuses souches sont inoffensives ou même bénéfiques, certaines peuvent provoquer des maladies ou porter des traits qui les rendent résistantes aux médicaments conçus pour les tuer. Lorsque ces bactéries passent de la ferme au marché, puis enfin à l'assiette, elles peuvent introduire un risque caché : la possibilité que, si une personne tombe malade, les traitements standards ne fonctionnent plus. Cette préoccupation a conduit les scientifiques à examiner si les légumes que nous achetons sur les marchés locaux abritent ces bactéries résistantes et, si tel est le cas, à quel point le problème est répandu.
Dans une étude récente axée sur l'État d'Ogun au Nigeria, des chercheurs se sont donné pour mission d'examiner précisément cette question. Ils ont collecté 509 échantillons de légumes frais, comprenant des tomates, des carottes et des concombres, provenant de marchés de trois régions différentes de l'État. L'équipe a recueilli ces échantillons à différentes périodes de l'année pour voir si la saison influençait leurs découvertes. Une fois en laboratoire, ils ont soigneusement traité les légumes pour voir si les bactéries Bacillus étaient présentes. Ils ont constaté que les bactéries étaient bel et bien là, apparaissant dans 74 des échantillons. Les concombres étaient les plus susceptibles de porter les bactéries, suivis par les tomates, tandis que les carottes étaient les moins susceptibles d'être contaminées. L'étude a également révélé que la saison sèche semblait apporter une présence plus élevée de ces bactéries par rapport aux mois de pluie, suggérant que les conditions environnementales jouent un rôle significatif dans la propagation de ces microbes à travers la chaîne alimentaire.
Les chercheurs ne se sont pas contentés de simplement compter les bactéries ; ils voulaient savoir si ces souches spécifiques étaient dangereuses. Ils ont testé 58 échantillons représentatifs contre une large gamme d'antibiotiques, les médicaments utilisés pour traiter les infections bactériennes. Les résultats étaient frappants. Les bactéries ont montré une très haute résistance à plusieurs médicaments puissants, notamment l'oxacilline, la vancomycine, la ceftriaxone et le méropénem. En fait, presque toutes les bactéries testées étaient résistantes à l'oxacilline et à la vancomycine, et une grande majorité étaient résistantes à la ceftriaxone et au méropénem. Cela signifie que si une personne était infectée par ces souches spécifiques, ces médicaments courants et critiques pourraient échouer à arrêter l'infection. Cependant, les bactéries étaient moins résistantes à d'autres antibiotiques, tels que l'ampicilline et la gentamicine, montrant que le problème n'est pas uniforme pour tous les médicaments.
Pour comprendre pourquoi les bactéries résistaient à ces médicaments, les scientifiques ont examiné le code génétique des bactéries. Ils ont recherché des gènes spécifiques qui agissent comme des plans pour la résistance. Ils ont découvert que chacun des 58 bactéries portait un gène appelé blaTEM, qui est connu pour aider les bactéries à décomposer certains antibiotiques. Ils ont également trouvé un autre gène de résistance, blaSHV, dans environ un quart des échantillons. Curieusement, bien que les bactéries aient été hautement résistantes au méropénem lors des tests en laboratoire, les chercheurs n'ont pas trouvé les gènes spécifiques habituellement responsables de ce type de résistance. Cela suggère que les bactéries utilisent peut-être une méthode différente et inconnue pour survivre au médicament, ou que les gènes de résistance qu'elles portent ne sont pas toujours actifs. L'étude a également recherché des gènes qui rendent les bactéries plus dangereuses en produisant des toxines. Ils ont trouvé quelques souches portant des gènes de toxines pouvant causer la diarrhée, mais celles-ci étaient rares.
Les conclusions dressent un portrait clair d'un défi de sécurité alimentaire déjà présent dans l'approvisionnement local en légumes. L'étude confirme que les légumes frais dans cette région ne font pas que pousser dans le sol ; ils absorbent également des bactéries qui ont appris à survivre à des médicaments puissants. Le fait que ces bactéries résistantes aient été trouvées en nombres aussi élevés, particulièrement dans les concombres et les tomates, suggère que le voyage de la ferme à la fourchette est un point critique où ces microbes peuvent se propager. Les chercheurs ont noté que la manière dont les légumes sont manipulés, l'eau utilisée pour l'irrigation et les conditions dans les marchés contribuent tous à cette contamination. Bien que l'étude n'ait pas trouvé tous les types possibles de gènes de résistance, la présence de ceux qu'ils ont trouvés, combinée aux niveaux élevés de résistance observés lors des tests en laboratoire, constitue un avertissement sérieux. Cela souligne la nécessité de meilleures pratiques d'hygiène lors de la culture et de la vente, de sources d'eau plus propres et d'une surveillance continue pour garantir que les aliments que les gens consomment restent sûrs et que les médicaments utilisés pour traiter les maladies restent efficaces.
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