Isolation and identification of non-tuberculous mycobacteria from dead edible fish in Iran

Énoncé du problème
Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) sont des pathogènes opportunistes environnementaux largement présents dans les milieux aquatiques et terrestres, posant des risques tant pour les poissons que pour les humains. La mycobactériose des poissons (tuberculose du poisson) est une maladie granulomateuse affectant plus de 200 espèces de poissons, entraînant souvent une léthargie, une croissance médiocre, une organomégalie et la mortalité. Bien que Mycobacterium marinum, M. chelonae et M. fortuitum soient des causes communes connues, les méthodes traditionnelles d'identification phénotypique sont chronophages, complexes et échouent fréquemment à fournir une identification précise au niveau de l'espèce. De plus, le potentiel zoonotique de ces agents pathogènes souligne la nécessité d'une détection rapide et précise dans les poissons comestibles, particulièrement dans les systèmes aquacoles où ils peuvent constituer une source d'infection pour l'homme.

Méthodologie
L'étude a examiné la présence et l'identification des MNT dans 123 échantillons de poissons comestibles morts collectés dans divers étangs d'élevage de poissons à Ilam, dans l'ouest de l'Iran, entre janvier 2024 et février 2025. Trois poissons sains par étang ont servi de témoins.

• Traitement des échantillons : Les échantillons de tissus ont été homogénéisés, colorés avec la méthode de Ziehl-Neelsen (ZN) pour les bacilles acido-alcoolo-résistants, et décontaminés à l'aide de NaOH et de HCl.
• Culture : Les sédiments ont été inoculés sur un milieu de Lowenstein-Jensen (LJ) et incubés à la fois à 25 °C et 37 °C pendant 8 semaines.
• Caractérisation phénotypique : Les colonies positives ont été évaluées selon des caractéristiques morphologiques, le taux de croissance, la production de pigments et des tests biochimiques (production de niacine, réduction des nitrates, catalase, uréase et activité de l'arylsulfatase) suivant les protocoles du CDC.
• Identification moléculaire : L'ADN a été extrait à l'aide d'un kit commercial. L'identification des espèces a été réalisée par amplification par PCR et séquençage de deux gènes de ménage : un fragment de 441 pb du gène hsp65 et un fragment de 750 pb du gène rpoB.
• Analyse : Les résultats de séquençage ont été analysés par BLASTn contre les bases de données NCBI. Des arbres phylogénétiques ont été construits en utilisant l'approche du "Neighbor-Joining" (NJ) avec le modèle de distance de Kimura à deux paramètres (K2P) et 1000 réplications de bootstrap dans le logiciel MEGA 7.

Résultats clés

• Prévalence : Les MNT ont été isolées à partir de 19 des 123 échantillons (15,44 %). Tous les échantillons témoins étaient négatifs.
• Signes cliniques : Parmi les poissons infectés, 47,36 % (9/19) présentaient des ulcérations cutanées, 26,32 % (5/19) une perte d'écailles, 5,26 % (1/19) une émaciation sévère, et 21,05 % (4/19) ne présentaient aucun signe clinique.
• Caractéristiques de croissance : 73,68 % (14/19) des isolats étaient des mycobactéries à croissance rapide (RGM), tandis que 26,32 % (5/19) étaient des mycobactéries à croissance lente (SGM).
• Écarts d'identification : Les méthodes phénotypiques ont identifié 14 isolats comme appartenant au complexe M. fortuitum mais n'ont pas réussi à distinguer les espèces dans 7 cas (53,8 % du complexe).
• Résultats moléculaires : Le séquençage des gènes hsp65 et rpoB a permis une discrimination précise des espèces. Le gène hsp65 a présenté des valeurs de similitude plus élevées que le gène rpoB. La distribution finale des espèces était la suivante :
  • Mycobacterium fortuitum : 9 isolats (47,36 %)
  • Mycobacterium chelonae : 5 isolats (26,32 %)
  • Mycobacterium marinum : 5 isolats (26,32 %)
    (Note : Le texte du résumé contient une erreur typographique listant "M. fortuitum" deux fois dans le résumé ; les résultats détaillés et le Tableau 1 clarifient la présence de M. chelonae).

Signification et affirmations
Les auteurs affirment que cette étude fournit des données quantitatives plus complètes sur la fréquence et la distribution de signes cliniques spécifiques associés à la tuberculose du poisson par rapport aux descriptions qualitatives précédentes. La recherche souligne les limites des méthodes phénotypiques, qui n'ont pas pu atteindre l'identification au niveau de l'espèce pour une partie importante des isolats, alors que les méthodes moléculaires se sont révélées nettement plus précises.

L'étude conclut que les poissons comestibles de la région hébergent des espèces de MNT (M. fortuitum, M. chelonae et M. marinum) qui sont pathogènes tant pour les poissons que pour les humains. Par conséquent, les auteurs soulignent l'importance de mettre en œuvre des méthodes de détection moléculaire rapides et précises dans les systèmes aquacoles afin d'atténuer les menaces potentielles pour la santé des consommateurs humains et d'améliorer la gestion des maladies en pisciculture. L'article appelle à de nouvelles études moléculaires pour mieux comprendre l'épidémiologie de ces agents pathogènes.