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Linezolid phenotypic resistance in Mycobacterium tuberculosis due to presence of non-tuberculous mycobacteria:a case report

本病例报告表明，一名利奈唑胺药敏检测结果呈现表型耐药但基因型敏感的利奈唑胺耐药性利福平耐药结核病患者，其结果不一致是由培养物中存在非结核分枝杆菌（*Mycobacterium sinense*）而非真实的结核分枝杆菌耐药突变所导致的。

原作者： Wilma Quispe Rojas, Christoffel Opperman, Janré Steyn, Sarishna Singh, Emilyn Costa Conceicao, Nabila Ismail, Vincent Rennie, Anja Reuter, Felicia Wells, Claudia Spies, Yonas Ghebrekristos, Susanne To

发布于 2026-09-03

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CC BY 4.0

原作者： Wilma Quispe Rojas, Christoffel Opperman, Janré Steyn, Sarishna Singh, Emilyn Costa Conceicao, Nabila Ismail, Vincent Rennie, Anja Reuter, Felicia Wells, Claudia Spies, Yonas Ghebrekristos, Susanne Tonsing, Thomas Sanko, Miguel de Diego Fuertes, Malikah Semaar, Cheryl Baxter, Lavanya Singh, Tim Heupink, Shaheed Vally Omar, Robin Warren, Stephanus Malherbe, Eduan Wilkinson, Tulio de Oliveira, Annelies Van Rie, Farzana Ismail

原始论文采用 CC BY 4.0 许可（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。 ✨ 这是对下方论文的AI生成解释。它不是由作者撰写或认可的。如需技术准确性，请参阅原始论文。阅读完整免责声明

技术摘要：由非结核分枝杆菌引起的结线佐利（Linezolid）结核分枝杆菌表型耐药性

问题陈述
表型药物敏感性检测（pDST）与基因型药物敏感性检测（gDST）之间的不一致，增加了耐利福平耐药结核病（RR-TB）临床决策的复杂性。虽然基于全基因组测序（WGS）的 gDT 已日益广泛应用，但如果耐药机制未知或耐药亚群低于检测阈值，可能会产生假阴性结果。相反，由于技术挑战或混合感染的存在，pDST 可能会产生假阳性结果。本病例报告研究了一个特定的结线佐利不一致案例：pDST 显示耐药，但 WGS 未在结核分枝杆菌（Mtb）的 rrl 或 rplc 基因中检测到耐药突变。作者假设这种不一致是由非结核分枝杆菌（NTM）的污染或混合感染引起的，因为结线佐利针对的是高度保守的核糖体 DNA 机制，该机制在不同细菌物种间具有普遍性。

方法学
本研究以一名南非 48 岁男性患者为中心，该患者有多次 RR-TB 病史，于 2025 年诊断为新发病例。调查采用了多模态方法来解决最初的 pDST/gDT 不一致问题：

初始检测： 基线分离株进行了 pDST（BACTEC MGIT960）和基于 Illumina 的 WGS。同时还进行了线蛋白分析（line probe assay）。
深度测序与剖析： 为了调查不一致的原因，作者利用了以下手段：
- NTM-Profiler (v0.8.2)： 应用于基线 WGS 数据，以识别物种及其相对丰度。
- 基因组比对： 将 rrl 和 rplc 基因在 Mtb（H37Rv 参考株）与识别出的 NTM 株（如 M. sinense JDM601）之间进行比对，以评估与耐药相关的位点的一致性。
- 最低抑菌浓度（MIC）测定： 对基线分离株及特定的含药 MGIT 管进行了测定。
- 靶向二代测序（tNGS）： 将 Deeplex MycMTB 检测应用于含结线佐利的 pDST 管。
- 亚培养 WGS： 对基线分离株及特定生长控制管/含药管的亚培养物进行 WGS，以确定在药物存在下的物种组成。
随访： 对患者第二个月的培养分离株进行了 Xpert MTB/XDR、WGS 和扩展 pDST 检测，以监测治疗反应和新发耐药情况。

关键结果

初始不一致： 基线分离株显示对结线佐利表型耐药（MIC ≥ 1 mg/L），但基因型呈敏感性（rrl 或 rplc 无变异）。
识别混合感染：
- NTM-Profiler 对基线 WGS 数据的分析显示存在混合感染：34.6% 为结核分枝杆菌（M. tuberculosis），65.4% 为中华分枝杆菌（Mycobacterium sinense）。
- 基因组比对确认，M. sinense 在与 Mtb 相关的七个结线佐利耐药位点上具有高度一致性（rplc 为 84%，rrl 为 91%），这解释了为什么该 NTM 会在表型检测中表现为耐药。
假耐药机制：
- 生长控制管的 WGS 证实了两种物种的存在。
- 至关重要的是，含结线佐利的 MGIT 管（0.5 和 2.0 mg/L）的 WGS 仅检测到了 M. sinense，未检测到 M. tuberculosis。
- 这证实了结核分枝杆菌是敏感的（它在结线佐利存在的情况下没有生长），而 M. sinense 株是耐药的并得以生长，从而导致 pDST 错误地将 Mtb 分离株报告为耐药。
- tNGS（Deeplex MycMTB）在药物管中检测到了 M. kumamotonense，但基因组比对表明实际污染物是 M. sinense，这凸显了单一标记识别方法的局限性。
临床进程： 患者最初接受了 BPaL-L 方案治疗。由于结线佐利敏感性的不确定性以及第二个月培养物呈阳性，建议采用复杂的 9 种药物联合方案。患者最终实现了培养转阴。第二个月的分离株证实 Mtb 对结线佐利敏感，但也揭示了对贝达喹啉（bedaquiline）和氯法齐尼（clofazimine）的新发耐药。

意义与主张
本文声称报告了首例因生长缓慢的 NTM（M. sinense）的存在而非 WGS 无法检测到耐药突变或技术性失败导致的结线佐利 pDST-gDT 不一致案例。

作者认为，这一发现挑战了主流假设，即 NGS 不一致主要是由于其无法检测耐药突变。相反，他们指出，培养分离物中 NTM 的存在会导致假性的 pDT 耐药结果。研究结论是，当测序结果未检测到耐药相关突变时，在报告 Mtb 结线佐利表型耐药之前，应通过宏观检查和 Ziehl-Neelsen 染色来调查 NTM 的存在。作者建议，了解这一现象发生的频率对于准确评估 NGS 检测结线佐利耐药性的真实敏感性至关重要。

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