Linezolid phenotypic resistance in Mycobacterium tuberculosis due to presence of non-tuberculous mycobacteria:a case report

Resumo Técnico: Resistência Fenotípica à Linezolida em Mycobacterium tuberculosis Devido a Micobactérias Não Tuberculosas

Definição do Problema
A discordância entre o teste de suscetibilidade fenotípica a drogas (pDST) e o teste de suscetibilidade genotípica a drogas (gDST) complica a tomada de decisão clínica para a tuberculose resistente à rifampicina (RR-TB). Embora o gDST (via sequenciamento de genoma completo, WGS) seja cada vez mais utilizado, ele pode gerar resultados falso-negativos se os mecanismos de resistência forem desconhecidos ou se as subpopulações resistentes estiverem abaixo dos limiares de detecção. Por outro lado, o pDST pode gerar resultados falso-positivos devido a desafios técnicos ou à presença de infecções mistas. Este relato de caso investiga um caso específico de discordância de linezolida onde o pDST indicou resistência, mas o WGS não detectou mutações conferidoras de resistência nos genes rrl ou rplc do Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Os autores hipotetizaram que esta discordância foi causada por contaminação ou infecção mista com uma micobactéria não tuberculosa (NTM), dado que a linezolida tem como alvo o DNA ribossômico, um mecanismo altamente conservado entre as espécies bacterianas.

Metodologia
O estudo centra-se num paciente de 48 anos da África do Sul com histórico de múltiplos episódios de RR-TB, diagnosticado com um novo episódio em 2025. A investigação empregou uma abordagem multimodal para resolver a discordância inicial entre pDST/gDST:

• Testagem Inicial: Os isolados de base foram submetidos a pDST (BACTEC MGIT960) e WGS baseado em Illumina. Um ensaio de linha de prova também foi realizado.
• Sequenciamento Profundo e Perfilamento: Para investigar a discordância, os autores utilizaram:
  • NTM-Profiler (v0.8.2): Aplicado aos dados de WGS de base para identificar espécies e abundâncias relativas.
  • Alinhamento Genómico: Alinhamento dos genes rrl e rplc entre Mtb (referência H37Rv) e as estirpes de NTM identificadas (ex: M. sinense JDM601) para avaliar a conservação das posições associadas à resistência.
  • Ensaios de Concentração Inibitória Mínima (MIC): Realizados no isolado de base e em tubos específicos contendo a droga.
  • NGS Direcionado (tNGS): O ensaio Deeplex MycMTB foi aplicado ao tubo de pDST contendo linezolida.
  • WGS de Subcultura: O WGS foi realizado em subculturas do isolado de base e em tubos de controlo de crescimento/contendo a droga específicos para determinar a composição de espécies na presença da droga.
• Acompanhamento: O isolado de cultura do segundo mês do paciente foi submetido a Xpert MTB/XDR, WGS e pDST estendido para monitorar a resposta ao tratamento e a resistência emergente.

Principais Resultados

• Discordância Inicial: O isolado de base mostrou resistência fenotípica à linezolida (MIC ≥ 1 mg/L), mas suscetibilidade genotípica (sem variantes em rrl ou rplc).
• Identificação de Infecção Mista:
  • A análise do NTM-Profiler dos dados de WGS de base revelou uma infecção mista: 34,6% Mycobacterium tuberculosis e 65,4% Mycobacterium sinense.
  • O alinhamento genómico confirmou que o M. sinense possui alta identidade (84% para rplc, 91% para rrl) com o Mtb nas sete posições associadas à resistência à linezolida, explicando por que o NTM pareceria resistente num ensaio fenotípico.
• Mecanismo de Falsa Resistência:
  • O WGS do tubo de controlo de crescimento confirmou a presença de ambas as espécies.
  • Crucialmente, o WGS dos tubos MGIT contendo linezolida (0,5 e de 2,0 mg/L) detectou apenas M. sinense, sem deteção de M. tuberculosis.
  • Isto confirmou que a estirpe de M. tuberculosis era suscetível (não cresceu na presença de linezolida), enquanto a estirpe de M. sinense era resistente e cresceu, levando o pDST a reportar erroneamente o isolado de Mtb como resistente.
  • O tNGS (Deeplex MycMTB) no tubo da droga detetou M. kumamotonense, mas o alinhamento genómico sugeriu que o contaminante real era M. sinense, destacando as limitações dos métodos de identificação de marcador único.
• Curso Clínico: O paciente recebeu inicialmente um regime BPaL-L. Devido à incerteza da suscetibilidade à linezolida e à positividade da cultura no segundo mês, foi recomendado um regime complexo de 9 drogas. O paciente acabou por atingir a conversão de cultura. Os isolados do segundo mês confirmaram a suscetibilidade do Mtb à linezolida, mas revelaram resistência emergente à bedaquilina e clofazimina.

Significado e Alegações
O artigo afirma reportar o primeiro caso de discordância pDST-gDST de linezolida onde a resistência fenotípica foi causada pela presença de uma NTM de crescimento lento (M. sinense) em vez de um falso-negativo genotípico ou uma falha técnica de WGS.

Os autores argumentam que este achado desafia a suposição predominante de que a discordância da linezolida se deve principalmente à incapacidade do NGS em detetar mutações de resistência. Em vez disso, eles postulam que a presença de NTM em isolados de cultura pode levar a resultados de pDST falso-resistentes. O estudo conclui que, quando os resultados de sequenciamento não detetam uma mutação conferidora de resistência, a presença de uma NTM deve ser investigada via exame macroscópico e coloração de Ziehl-Neelsen antes de reportar um resultado fenotípico como Mtb resistente à linezolida. Os autores sugerem que compreender a frequência deste fenómeno é essencial para avaliar com precisão a verdadeira sensibilidade do NGS para a deteção de resistência à linezolida.