Metataxonomic analysis of rectal samples of synanthropic bats from Montes Claros, Brazil

Les chauves-souris comptent parmi les mammifères les plus prospères de la Terre, avec près de 1 500 espèces s'épanouissant dans des environnements allant des forêts profondes aux villes animées. Leur capacité à voler leur permet de parcourir de vastes distances, et de nombreuses espèces se sont adaptées pour vivre aux côtés des humains, trouvant abri dans les bâtiments et nourriture dans les déchets urbains. Cette proximité étroite crée une intersection biologique unique où animaux et humains partagent les mêmes espaces. C'est pourquoi les scientifiques s'intéressent de plus en plus à la vie microscopique qui vit à l'intérieur de ces animaux. Le microbiote intestinal, cette vaste communauté de bactéries et d'autres microbes résidant dans le tractus digestif d'un animal, agit comme un écosystème complexe. Il influence la santé de l'animal hôte et peut également servir de réservoir de germes susceptibles de passer à l'homme ou à d'autres espèces. Comprendre ce qui vit à l'intérieur de ces chauves-souris ne consiste pas seulement à répertorier la nature ; c'est une pièce cruciale du puzzle pour suivre les maladies qui circulent entre la faune sauvage et l'homme.

Dans la ville de Montes Claros, dans le nord du Brésil, une équipe de chercheurs s'est donné pour mission d'explorer ce monde caché au sein de huit espèces différentes de chauves-souris. Ces animaux comprenaient des frugivores, des insectivores et des nectarivores, représentant un échantillon représentatif de la faune locale. Les scientifiques ont collecté des échantillons en tamponnant délicatement la zone rectale de quarante-quatre chauves-souris capturées. Cette méthode a permis de recueillir le matériel génétique des bactéries vivant dans l'intestin des animaux sans nuire aux créatures. Ils ont ensuite utilisé une puissante technique de séquençage génétique pour lire l'ADN de ces microbes. Au lieu de tenter de cultiver les bactéries en laboratoire, ce qui échoue souvent car beaucoup ne peuvent survivre en dehors de leur hôte, les chercheurs ont recherché des marqueurs génétiques spécifiques qui agissent comme un code-barres pour chaque type de microbe. Cette approche leur a permis d'identifier précisément quels groupes bactériens étaient présents et quelle était leur abondance.

L'analyse a révélé une communauté de bactéries riche et variée. Les groupes les plus communs appartenaient à trois grandes familles de microbes : les Firmicutes, les Proteobacteria et les Actinobacteria. Ces groupes constituaient la grande majorité de la vie bactérienne trouvée dans les échantillons. Au sein de ce mélange diversifié, les chercheurs ont identifié 319 types différents de bactéries. Parmi ceux-ci, ils ont trouvé 34 types connus pour être potentiellement nocifs pour l'homme et les animaux. Certains étaient assez courants, tels que Staphylococcus et Enterococcus, qui ont été trouvés dans presque toutes les espèces de chauves-souris étudiées. D'autres, comme Salmonella, Bartonella et Brucella, étaient présents en nombres beaucoup plus faibles mais ont tout de même été détectés. La présence de ces bactéries spécifiques suggère que ces chauves-souris transportent une gamme de germes qui pourraient poser des risques s'ils se propageaient aux humains ou au bétail.

L'étude a également souligné que les communautés bactériennes variaient considérablement d'une chauve-souris à l'autre. Certains animaux possédaient un nombre très élevé de types bactériens différents, tandis que d'autres en possédaient moins. Cette variation a été observée entre les différentes espèces et même entre les individus d'une même espèce. Pour la première fois, cette recherche a fourni un regard détaillé sur les bactéries intestinales de quatre espèces spécifiques de chauves-souris qui n'avaient jamais été étudiées de cette manière auparavant : Sturnira lilium, Artibeus geoffroyi, Glossophaga soricina et Myotis nigricans. En cartographiant ces communautés microbiennes, les chercheurs ont établi une base de référence de ce qui est normal pour ces animaux dans cette région.

Les résultats soulignent l'importance d'aborder la santé de la faune sauvage à travers un prisme qui connecte les animaux, les humains et l'environnement. Les chauves-souris de cette étude n'étaient pas seulement des vecteurs de bactéries ; elles faisaient partie d'un réseau écologique plus large. Le fait que ces animaux vivent dans des zones urbaines et interagissent avec des espaces humains signifie que les microbes qu'elles transportent pourraient avoir des conséquences concrètes dans le monde réel. L'étude ne prétend pas que ces chauves-souris causent actuellement des épidémies, mais elle confirme qu'elles hébergent une gamme diversifiée de bactéries, dont certaines ayant le potentiel de provoquer des maladies. Cette connaissance aide les responsables de la santé publique et les conservateurs à comprendre les risques et les bénéfices de la cohabitation avec ces créatures. En sachant ce qui se trouve à l'intérieur de ces animaux, la société peut mieux se préparer aux menaces sanitaires potentielles tout en continuant à protéger les rôles vitaux que jouent les chauves-souris dans la pollinisation des plantes et le contrôle des populations d'insectes.