Lessons learned from implementing OMOP CDM in Japanese oncology​

Nel vasto panorama della medicina moderna, una rivoluzione silenziosa sta avvenendo non nelle sale operatorie, ma negli archivi digitali degli ospedali. Per decenni, i medici si sono affidati ai trial clinici per dimostrare l'efficacia di un nuovo farmaco, ma questi studi coinvolgono spesso pazienti selezionati con cura in contesti controllati che non riflettono sempre la complessa realtà della vita quotidiana. Per comprendere come i trattamenti si comportino realmente nella popolazione generale, i ricercatori devono studiare i "dati del mondo reale" (real-world data): i milioni di record generati ogni giorno mentre le persone visitano i medici, ricevono diagnosi e assumono farmaci. La sfida è sempre stata il fatto che ogni ospedale registra queste informazioni in modo diverso, utilizzando i propri codici e formati unici, rendendo quasi impossibile combinare i dati provenienti da luoghi diversi per avere una visione d'insieme. Per risolvere questo problema, la comunità scientifica globale ha sviluppato un traduttore universale per le informazioni mediche chiamato OMOP Common Data Model. Pensatelo come un linguaggio standard che permette a un ospedale di Tokyo di comunicare direttamente con un ospedale di New York, traducendo i loro record specifici in un formato condiviso affinché possano essere analizzati insieme. Questo approccio promette di accelerare la scoperta di trattamenti efficaci e migliorare l'assistenza ai pazienti su scala globale, ma richiede uno sforzo massiccio e preciso per convertire i record locali in questo nuovo standard.

Un team di ricercatori presso l'National Cancer Center Hospital East in Giappone si è posto l'obiettivo di testare se questo processo di traduzione potesse funzionare nel complesso mondo dell'oncologia giapponese. Si sono concentrati sulle cartelle cliniche elettroniche di quasi 8.400 pazienti trattati per il tumore al seno tra il 2015 e il 2022. Il loro obiettivo non era curare i pazienti o scoprire una nuova cura, ma vedere se i record digitali esistenti del loro ospedale potessero essere trasformati con successo nel formato OMOP e poi controllati per l'accuratezza utilizzando una dashboard di qualità specializzata. Questo era un test critico perché, mentre altri paesi hanno costruito con successo grandi reti di tali dati, il Giappone non aveva ancora dimostrato che i suoi specifici record medici potessero essere convertiti e utilizzati per la ricerca internazionale. Il team ha preso i file di testo grezzi contenenti le storie cliniche dei pazienti, i risultati di laboratorio e i dettagli dei trattamenti e ha iniziato l'arduo compito di mappare ogni singolo termine sullo standard globale. Dovevano garantire che un codice diagnostico giapponese per un tipo specifico di cancro corrispondesse al corretto concetto internazionale, e che un farmaco prescritto a Tokyo fosse riconosciuto come la stessa sostanza utilizzata in Europa o negli Stati Uniti.

I risultati di questa conversione sono stati in gran parte incoraggianti. I ricercatori hanno scoperto di poter standardizzare con successo più dell'80 percento delle informazioni cliniche nelle principali aree dell'assistenza al paziente, inclusi diagnosi, test di laboratorio e prescrizioni di farmaci. Hanno elaborato milioni di singoli punti dati, convertendo oltre 39 milioni di risultati di test di laboratorio e quasi 300.000 prescrizioni nel nuovo formato. Ciò ha dimostrato che il sistema giapponese è in grado di unirsi alla rete globale della ricerca osservazionale. Tuttavia, il processo non è stato privo di ostacoli. Il team ha scoperto che le procedure chirurgiche erano l'area più difficile da tradurre; sebbene fossero riusciti a mappare la maggior parte degli altri dati, i termini specifici utilizzati per gli interventi chirurgici nel loro sistema non si allineavano bene con gli standard internazionali, lasciando quella parte dei dati incompleta. Inoltre, hanno riscontrato lacune nei record, come date mancanti per determinati test o unità di misura poco chiare per i parametri vitali come la pressione sanguigna, che dovevano essere gestite manualmente o escluse.

Per garantire che i dati convertiti fossero affidabili, i ricercatori hanno eseguito quasi 2.000 controlli automatizzati per verificarne la validità e la completezza. Solo 24 di questi controlli hanno segnalato un errore o un fallimento, una frazione molto piccola che suggerisce che la qualità complessiva del dataset convertito sia elevata. I pochi errori che sono apparsi erano principalmente legati a informazioni mancanti in tabelle specifiche, come i dettagli sui decessi dei pazienti o i dosaggi dei farmaci, che il team ha identificato come problemi risolvibili perfezionando il proprio software di conversione o migliorando i record sorgente. Lo studio ha anche evidenziato una significativa barriera culturale e amministrativa: il governo giapponese utilizza il proprio set di codici medici standard che non sono ancora collegati al vocabolario internazionale utilizzato dal sistema OMOP. Ciò significa che ogni volta che un ospedale giapponese vuole unirsi a questa rete globale, deve creare manualmente un ponte tra i propri codici locali e quelli internazionali, un compito che richiede molto tempo e un significativo sforzo umano.

In definitiva, questo studio dimostra che i record medici giapponesi possono essere trasformati in un formato che consente loro di essere analizzati insieme ai dati del resto del mondo. Conferma che l'infrastruttura esiste per supportare studi internazionali su larga scala sull'efficacia dei trattamenti oncologici utilizzando dati del mondo reale provenienti dal Giappone. Tuttavia, la strada da percorrere richiede più di una semplice conversione tecnica; richiede uno sforzo coordinato per collegare la terminologia medica giapponese agli standard globali, affinché il processo di traduzione diventi più fluido e meno dipendente dal lavoro manuale. Man mano che più ospedali in Giappone adottano questi metodi e mentre le iniziative governative si muovono verso la standardizzazione nazionale dei dati medici, il potenziale del Giappone di contribuire a una comprensione globale del trattamento del cancro si rafforza. Il lavoro svolto qui funge da modello, mostrando che, sebbene il viaggio verso un database medico globale unificato sia complesso, è del tutto possibile, aprendo la strada a ricerche future che potrebbero beneficiare i pazienti ovunque.