Lessons learned from implementing OMOP CDM in Japanese oncology​

Dans le vaste paysage de la médecine moderne, une révolution silencieuse est en train de se produire, non pas dans la salle d'opération, mais dans les archives numériques des hôpitaux. Depuis des décennies, les médecins s'appuient sur les essais cliniques pour prouver l'efficacité d'un nouveau médicament, mais ces essais impliquent souvent des patients soigneusement sélectionnés dans des environnements contrôlés qui ne reflètent pas toujours la réalité désordonnée de la vie quotidienne. Pour comprendre comment les traitements se comportent réellement pour la population générale, les chercheurs doivent étudier les « données en vie réelle » — les millions de dossiers générés chaque jour lorsque les gens consultent des médecins, reçoivent des diagnostics et prennent des médicaments. Le défi a toujours été que chaque hôpital enregistre ces informations différemment, en utilisant ses propres codes et formats uniques, ce qui rend presque impossible la combinaison de données provenant de différents endroits pour avoir une vision d'ensemble. Pour résoudre ce problème, la communauté de recherche mondiale a développé un traducteur universel pour l'information médicale appelé le modèle de données communes OMOP. Considérez cela comme une langue standard qui permet à un hôpital de Tokyo de communiquer directement avec un hôpital de New York, en traduisant leurs dossiers spécifiques dans un format partagé afin qu'ils puissent être analysés ensemble. Cette approche promet d'accélérer la découverte de traitements efficaces et d'améliorer les soins aux patients à l'échelle mondiale, mais elle nécessite un effort massif et précis pour convertir les dossiers locaux en cette nouvelle norme.

Une équipe de chercheurs du Centre hospitalier national de cancérologie de l'Est au Japon s'est donné pour mission de tester si ce processus de traduction pouvait fonctionner pour le monde complexe de l'oncologie japonaise. Ils se sont concentrés sur les dossiers médicaux électroniques de près de 8 400 patientes traitées pour le cancer du sein entre 2015 et 2022. Leur objectif n'était pas de traiter des patientes ou de découvrir un nouveau remède, mais de voir si les dossiers numériques existants de leur hôpital pouvaient être transformés avec succès au format OMOP, puis vérifiés pour leur exactitude à l'aide d'un tableau de bord de qualité spécialisé. Il s'agissait d'un test critique car, bien que d'autres pays aient réussi à construire de vastes réseaux de telles données, le Japon n'avait pas encore démontré que ses dossiers médicaux spécifiques pouvaient être convertis et utilisés pour la recherche internationale. L'équipe a pris les fichiers de texte brut contenant les antécédents des patientes, les résultats de laboratoire et les détails de traitement, et a commencé la tâche ardue consistant à mapper chaque terme à la norme mondiale. Ils devaient s'assurer qu'un code de diagnostic japonais pour un type spécifique de cancer corresponde au concept international correct, et qu'un médicament prescrit à Tokyo soit reconnu comme la même substance utilisée en Europe ou aux États-Unis.

Les résultats de cette conversion ont été largement encourageants. Les chercheurs ont constaté qu'ils pouvaient standardiser avec succès plus de 80 pour cent des informations cliniques dans les domaines majeurs des soins aux patients, y compris les diagnostics, les tests de laboratoire et les prescriptions de médicaments. Ils ont traité des millions de points de données individuels, convertissant plus de 39 millions de résultats de tests de laboratoire et près de 300 000 prescriptions dans le nouveau format. Cela a démontré que le système japonais est capable de rejoindre le réseau mondial de la recherche observationnelle. Cependant, le processus n'a pas été sans obstacles. L'équipe a découvert que les procédures chirurgicales étaient le domaine le plus difficile à traduire ; bien qu'ils puissent mapper la plupart des autres données, les termes spécifiques utilisés pour les chirurgies dans leur système ne s'alignaient pas bien avec les normes internationales, laissant cette partie des données incomplète. De plus, ils ont rencontré des lacunes dans les dossiers, telles que des dates manquantes pour certains tests ou des unités de mesure imprécises pour les signes vitaux comme la pression artérielle, qui ont dû être traitées manuellement ou exclues.

Pour garantir la fiabilité des données converties, les chercheurs ont effectué près de 2 000 vérifications automatisées pour vérifier leur validité et leur exhaustivité. Seules 24 de ces vérifications ont signalé une erreur ou un échec, une très faible fraction qui suggère que la qualité globale de l'ensemble de données converties est élevée. Les rares erreurs qui sont apparues étaient principalement liées à des informations manquantes dans des tableaux spécifiques, tels que les détails sur les décès de patients ou les dosages de médicaments, que l'équipe a identifiés comme des problèmes pouvant être résolus en affinant leur logiciel de conversion ou en améliorant les dossiers sources. L'étude a également mis en évidence une barrière culturelle et administrative importante : le gouvernement japonais utilise son propre ensemble de codes médicaux standards qui ne sont pas encore liés au vocabulaire international utilisé par le système OMOP. Cela signifie que chaque fois qu'un hôpital japonais souhaite rejoindre ce réseau mondial, il doit créer manuellement un pont entre ses codes locaux et les codes internationaux, une tâche chronophage qui nécessite un effort humain important.

En fin de compte, cette étude prouve que les dossiers médicaux japonais peuvent être transformés en un format permettant de les analyser aux côtés des données du reste du monde. Elle confirme que l'infrastructure existe pour soutenir des études internationales à grande échelle sur l'efficacité du traitement du cancer en utilisant des données en vie réelle provenant du Japon. Cependant, la voie à suivre exige plus qu'une simple conversion technique ; elle exige un effort coordonné pour lier la terminologie médicale japonaise aux normes mondiales afin que le processus de traduction devienne plus fluide et moins dépendant du travail manuel. À mesure que davantage d'hôpitaux au Japon adoptent ces méthodes et que les initiatives gouvernementales progressent vers une standardisation nationale des données médicales, le potentiel du Japon pour contribuer à une compréhension mondiale du traitement du cancer se renforce. Le travail accompli ici sert de modèle, montrant que si le voyage vers une base de données médicale mondiale unifiée est complexe, il est tout à fait possible, ouvrant la voie à une recherche future qui pourrait bénéficier aux patients partout dans le monde.