Respiratory pathogen spectrum and coinfection patterns in acute respiratory infection patients during and post-COVID-19 pandemic from 2021 to 2025

Résumé technique : Spectre des agents pathogènes respiratoires et modèles de coinfection chez les patients atteints d'infections respiratoires aiguës (2021–2025)

Énoncé du problème
La mise en œuvre mondiale de mesures non pharmaceutiques (MNP) pendant la pandémie de COVID-19 a considérablement modifié la dynamique de transmission des agents pathogènes respiratoires. Suite à l'assouplissement de ces mesures en Chine, il est devenu nécessaire de comprendre les changements épidémiologiques, les spectres pathogènes et les modèles de coinfection chez les patients souffrant d'infections respiratoires aiguës (IRA). Plus précisément, l'étude aborde les défis posés par la résurgence des IRA, l'incidence croissante des coinfections (virus-virus, virus-bactérie, bactérie-champignon) et la prévalence ascendante des bactéries résistantes aux médicaments, qui compliquent les stratégies de diagnostic et de traitement tant dans les services généraux que dans les unités de soins intensifs (USI).

Méthodologie
Cette étude est une analyse rétrospective menée à l'Hôpital Général de Hebei, impliquant 9 674 patients admis pour une IRA entre janvier 2021 et décembre 2025.

• Définition de la cohorte : Les patients ont été classés en infection des voies respiratoires supérieures (IVRS) et infection des voies respiratoires inférieures (IVRI) sur la base des symptômes cliniques et de l'imagerie (CT/IRM). Un sous-groupe de 79 patients admis en USI pour une IVRI sévère a été analysé séparément.
• Détection des agents pathogènes : Tous les patients ont subi un test pour 13 agents pathogènes respiratoires spécifiques par PCR de fluorescence combinée à l'électrophorèse capillaire (mPCR). Le panel comprenait l'Influenza A (sous-types H1N1, H3N2, etc.) et B, le Parainfluenza virus, l'Adénovirus, le Rhinovirus, le Métapneumovirus, le Virus Respiratoire Syncytial, les Coronaviruses (229E, OC43, NL63, HKU1), Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia, et le Bocavirus.
• Microbiologie : Les patients en USI ont subi des cultures bactériennes et fongiques standards ainsi qu'une identification, incluant des tests de sensibilité aux médicaments.
• Analyse statistique : Les données ont été analysées via SPSS 26.0. Des tests de Chi-deux ont été utilisés pour les données catégorielles, et des tests de Mann-Whitney U ou des tests t pour les variables continues, avec un seuil de significativité fixé à p < 0,05.

Contributions clés

• Suivi épidémiologique longitudinal : L'étude fournit un ensemble de données exhaustif sur cinq ans (2021–2025) capturant la transition entre l'application stricte des MNP et la normalisation post-pandémique, documentant la tendance de « suppression-résurgence » des IRA.
• Différenciation IVRS vs IVRI : Elle contraste systématiquement les taux de détection des agents pathogènes et les modèles de coinfection entre les infections des voies respiratoires supérieures et inférieures, mettant en évidence des profils étiologiques distincts.
• Profilage spécifique aux USI : La recherche offre un profil étiologique et de résistance détaillé des cas d'IVRI sévères en USI, se concentrant sur la charge élevée de bactéries multirésistantes (BMR) et de coinfections fongiques.
• Dynamique de coinfection : Elle quantifie la prévalence des infections simples versus multiples (doubles/triples) et identifie des combinaisons spécifiques d'agents pathogènes à haut risque.

Résultats

• Tendances épidémiologiques : L'incidence des IRA et les taux de positivité des agents pathogènes ont été supprimés durant 2021–2022 (taux de positivité ~24–27 %) en raison des MNP. Une résurgence significative s'est produite en 2023 (taux de positivité de 34,62 %), atteignant un pic en 2024 (54,84 %), avant de décliner en 2025.
• Disparités IVRS vs IVRI :
  • Prévalence : Les cas d'IVRI (54,67 %) ont dépassé les cas d'IVRS (45,33 %).
  • Taux de détection : La détection des agents pathogènes était significativement plus élevée dans l'IVRI (55,57 %) par rapport à l'IVRS (15,44 %).
  • Agents pathogènes dominants : Mycoplasma pneumoniae (MP) était le principal agent pathogène dans l'IVRI (18,08 %), tandis que le Rhinovirus (RV) prédominait dans l'IVRS (5,12 %).
  • Coinfection : Les infections multiples étaient significativement plus fréquentes dans l'IVRI (8,09 %) que dans l'IVRS (1,66 %).
• Cas graves en USI (n=79) :
  • Démographie : La cohorte était majoritairement composée de personnes âgées (âge médian 69 ans) et d'hommes (73,42 %), avec 86,08 % présentant des pathologies sous-jacentes.
  • Agents pathogènes : L'Influenza A (51,90 %) et le Rhinovirus (16,46 %) étaient les principaux moteurs viraux.
  • Coinfections : 91,14 % des cas en USI présentaient des coinfections bactériennes. Notamment, 51,90 % impliquaient des souches multirésistantes ou résistantes, principalement Acinetobacter baumannii résistant aux carbapénèmes (CRAB) et Klebsiella pneumoniae résistant aux carbapénèmes (CRE).
  • Infections fongiques : Présentes dans 16,46 % des cas, principalement des espèces de Candida.
  • Résultats : Le taux de mortalité était de 8,86 % (7/79), tous les cas fatals impliquant des infections mixtes virus-bactérie. Les patients présentant des coinfections bactériennes multirésistantes ou fongiques avaient des durées d'hospitalisation significativement plus longues (26 et 25 jours respectivement) que ceux sans coinfection (19 et 17 jours).

Signification et affirmations
Les auteurs affirment que l'étude fournit une base factuelle pour optimiser la gestion des IRA dans l'ère post-pandémique. Les principales implications incluent :

1. Stratégie de diagnostic : Le taux élevé de détection des agents pathogènes dans l'IVRI et la prévalence des coinfections nécessitent l'utilisation de technologies de détection multi-agents (ex: mPCR) plutôt que des tests à cible unique.
2. Défis thérapeutiques : La haute incidence de bactéries résistantes aux médicaments et de coinfections fongiques dans les cas d'IVRI sévères, particulièrement chez les personnes âgées, augmente la difficulté du traitement et nécessite une gestion optimisée de l'antibiothérapie.
3. Dette immunitaire : La résurgence des infections et le changement de distribution d'âge (avec des enfants d'âge scolaire montrant une forte positivité pour l'IVRI) suggèrent que les MNP prolongées ont pu entraîner un déclin de la mémoire immunitaire au niveau de la population, entraînant un modèle de « résurgence » qui nécessite une vigilance soutenue.
4. Gestion clinique : Les conclusions soulignent la nécessité d'une détection précoce des coinfections (virales, bactériennes et fongiques) en milieu de soins intensifs pour améliorer les résultats et réduire la durée d'hospitalisation.

L'article conclut que bien que la charge globale de la maladie ait reculé depuis son pic de 2023, les taux élevés de coinfections multiples et d'admissions en USI soulignent le besoin continu de stratégies de diagnostic et de contrôle régional précis.