Turkish Ethnomedicinal Database (TEMDB): A Standardized Dataset of Medicinal Plant Use-Reports in Türkiye
本文介绍了土耳其民族药用数据库(TEMDB),这是一个标准化的、符合FAIR原则的数据集,包含来自土耳其37项研究的4,384条药用植物使用报告,通过统一分类学和治疗学数据,旨在促进比较分析及未来的研究。
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在土耳其的角落,当三种截然不同的植物世界交汇时,一种深厚的疗愈传统长期以来一直依赖于当地的景观。世世代代,社区一直转向周围的野生植物来治疗疾病、缓解伤痛并维持健康。这种知识通过家族传承,并由当地医者记录,代表了人类与自然经验的宏大图书馆。然而,这种智慧在历史上一直分散在数百篇独立的论文中,每篇论文的写法各异,使用的植物名称也不同,对疗法的描述详略程度也不一。对于试图了解这些植物如何被使用的全貌的科学家和医生来说,这种碎片化造成了显著的障碍。当相同的信息被锁在互不相连、无法进行语言统一的独立报告中时,很难进行结果对比或发现规律。
为了解决这个问题,一组研究人员建立了一个名为“土耳其民族药用数据库”(Turkish Ethnomedicinal Database)的新型数字档案库。可以将这个数据库想象成一个巨大的、组织有序的档案柜,它将成千上万个零散的笔记汇集成一个单一的可搜索系统。研究人员并没有为了这个特定项目而去野外采集新植物或采访新的医者。相反,他们扮演了细致的图书管理员角色,收集了 2018 年至 2020 年间发表的现有研究。他们从 37 篇不同的科学论文中提取了原始信息,并对其进行了清理,将杂乱多变的描述转化为统一的格式。他们确保每一株植物都通过其正确的科学名称进行识别,确保每种报告的疾病都使用全球医生通用的标准医学系统进行分类,并确保每种制备疗法的方法都以相同的方式进行描述。其结果是一个清晰、结构化的记录,记载了超过四千次土耳其人利用植物治疗健康问题的具体实例,使这些传统知识变得可获取且易于进行现代分析。
创建这个数据库的过程始于对主要科学图书馆的系统性搜索。研究人员寻找任何记录了在特定三年窗口期内,土耳其境内用于人类或动物医疗用途植物的研究。他们找到了符合其严格标准的 37 项研究。这些研究包含了丰富的信息,但其原始形式无法直接使用。有的论文可能使用了一个不再使用的植物名称,而另一篇论文可能对胃痛的描述方式,很难与另一篇论文中对消化不良的描述进行比较。为了解决这个问题,团队手动提取了每一项关于植物用于特定用途的报告。即使两项不同的研究提到了同一种植物用于同一种疾病,他们也没有合并这些报告;相反,他们将每一份报告作为独立的条目保留,以保留该特定信息来源的独特故事。
一旦收集到原始数据,团队便开始了标准化工作,即使一切保持一致的过程。首先,他们查看了植物名称。他们利用全球植物名称数据库来验证所提到的每个物种的正确科学身份。如果某项研究使用了旧名称或错误的名称,研究人员会记录下原始名称以确保准确性,但也会添加目前公认的科学名称,以便今天的任何读者都能正确识别该植物。他们还将植物按科和属进行了组织,建立了清晰的分类学结构。接着,他们转向人们使用这些植物的原因。他们将成千上上种不同的症状和治疗描述归类到一个受控的标准术语列表中。例如,如果一项研究说某种植物用于“腹胀”,而另一项研究说用于“气体”,研究人员会将它们归入同一个清晰的类别之下。
标准化工作的关键部分是将这些传统用途与《国际疾病分类》(ICD)联系起来,这是全球医疗专业人士用于对疾病进行分类的系统。对于人类健康记录,研究人员将传统用途映射到该系统中。这并不意味着他们声称这些传统疗法在现代医学意义上已被证明是治愈手段。相反,这意味着他们建立了一座桥梁,让研究人员能够看到传统的症状描述如何与标准的医学类别相契合。例如,一种针对“感冒”的传统疗法可以与呼吸道感染的标准医学类别联系起来。这使得与其他医学数据的比较变得更加容易。对于研究人员也包含在内的动物记录,他们使用了另一套分类体系,因为人类的医学系统并不适用于兽医学案例。
最终版本的数据库包含 4,384 条独立记录。这些记录涵盖了 826 种不同的植物物种,代表了 98 个植物科和 361 个属。这些记录中的绝大多数(超过 4,200 条)描述了植物如何用于治疗人类疾病,而较小但具有重要意义的一部分(163 条)描述了植物如何用于治疗动物。研究人员发现,某些植物科出现的频率远高于其他科。唇形科(科学名称为 Lamiaceae)是提及频率最高的植物组,紧随其后的是蔷薇科和菊科。在单物种层面,荨麻是最常被引用的植物,出现在 132 份独立报告中,其次是车前草和黑莓(dog rose)。
在观察人们试图治疗的内容时,数据揭示了广泛的用途。最常见的标准化适应症是糖尿病,紧随其后的是伤口愈合、咳嗽和普通感冒。然而,很大一部分记录属于一个宽泛的类别,即不属于特定疾病的通用症状和体征。这凸显了传统医学往往关注的是一般的身体不适感或特定症状,而不仅仅是命名的疾病。这些记录的地理分布也是不均匀的。迪兹杰省(Düzce)贡献了最高数量的报告,其次是埃尔祖鲁姆(Erzurum)和宾格尔(Bingöl)。研究人员指出,这种不均匀性反映了原始研究开展的地点,而不一定代表该国整个地区植物药用最为普遍的情况。
该数据库的创建遵循了一套被称为 FAIR 的原则,即可发现(Findable)、可访问(Accessible)、可互操作(Interoperable)和可重用(Reusable)。目标是确保任何人都能轻松找到这些数据,在没有不必要障碍的情况下进行访问,并能与其它数据集结合以及用于新的研究。为了实现这一目标,该数据库托管在一个公共平台上,任何人都可以搜索特定的植物或疗法。然而,为了保护这些传统实践的详细位置信息不被自动化系统抓取,完整的数据库列表不能一次性批量下载。相反,需要完整数据集的研究人员必须提出申请,以确保数据得到负责任的使用。该数据库也是开放许可的,这意味着只要注明原作者,任何人都可以将这些信息用于自己的工作。
研究人员谨慎地界定了他们工作的范围。他们排除了研究生论文和学位论文,以确保素材的一致性和同行评审质量,尽管这意味着放弃了一些有价值的实地调查资料。他们还明确表示,该数据库并非土耳其民族植物学的完整历史;它是对 2018 年至 2020 年间发表研究的一个快照。团队并未在实地验证这些植物本身,也未测试这些疗法是否真的有效。他们的职责是组织和澄清现有的报告,而不是验证医学主张。他们承认原始研究的质量存在差异,且报告中的某些歧义无法完全解决。这些不确定性都被记录了下来,以便未来的使用者能够准确了解其所查阅的内容。
该项目代表了管理和共享传统知识方式的重要进步。通过将分散的报告汇集到一个单一的、标准化的格式中,土耳其民族药用数据库为人们可以更清晰地观察土耳其人与植物之间的关系提供了可能。它为未来的研究奠定了基础,允许科学家跨越不同地区和时期进行研究对比。该数据库旨在不断成长;研究人员计划在未来加入其他年份的研究,从而扩大档案以覆盖更长的时间跨度。目前,它作为一个见证,体现了组织信息的重要性——将孤立的事实集合转化为一个可以帮助我们理解自然在人类健康中持久作用的连贯资源。
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