Turkish Ethnomedicinal Database (TEMDB): A Standardized Dataset of Medicinal Plant Use-Reports in Türkiye

Dans les recoins de la Turquie, là où trois mondes botaniques distincts se rencontrent, une profonde tradition de guérison s'est longtemps appuyée sur le paysage local. Depuis des générations, les communautés se tournent vers les plantes sauvages qui les entourent pour traiter des maux, apaiser des blessures et maintenir la santé. Ce savoir, transmis de famille en famille et consigné par les guérisseurs locaux, représente une vaste bibliothèque de l'expérience humaine avec la nature. Cependant, cette sagesse a été historiquement dispersée dans des centaines de recherches individuelles, chacune écrite de différentes manières, utilisant différents noms pour les mêmes plantes et décrivant les traitements avec des niveaux de détail variables. Pour les scientifiques et les médecins qui tentent de comprendre l'image globale de l'utilisation de ces plantes, cette fragmentation crée une barrière significative. Il est difficile de comparer les résultats ou de repérer des modèles lorsque la même information est enfermée dans des rapports séparés et déconnectés qui ne parlent pas la même langue.

Pour résoudre ce problème, une équipe de chercheurs a construit une nouvelle archive numérique appelée la Base de données ethnomédicinale turque (Turkish Ethnomedicinal Database). Considérez cette base de données comme un immense classeur organisé qui rassemble des milliers de notes éparpillées dans un système de recherche unique. Les chercheurs ne sont pas allés sur le terrain pour collecter de nouvelles plantes ou interviewer de nouveaux guérisseurs pour ce projet spécifique. Au lieu de cela, ils ont agi en bibliothécaires méticuleux, rassemblant des études existantes publiées entre 2018 et 2020. Ils ont pris l'information brute de trente-sept articles scientifiques différents et l'ont nettoyée, traduisant les descriptions désordonnées et variées en un format uniforme. Ils se sont assurés que chaque plante était identifiée par son nom scientifique correct, que chaque maladie signalée était catégorisée selon un système médical standard utilisé par les médecins du monde entier, et que chaque méthode de préparation d'un remède était décrite de la même manière. Le résultat est un registre clair et structuré de plus de quatre mille cas spécifiques où les populations de Turquie ont utilisé des plantes pour traiter des problèmes de santé, rendant ce savoir traditionnel accessible et prêt pour une analyse moderne.

Le voyage vers la création de cette base de données a commencé par une recherche systématique dans les principales bibliothèques scientifiques. Les chercheurs ont recherché toute étude documentant l'utilisation de plantes pour la médecine ou pour traiter les animaux en Turquie durant une fenêtre spécifique de trois ans. Ils ont trouvé trente-sept études répondant à leurs critères stricts. Ces études contenaient une mine d'informations, mais elles n'étaient pas immédiatement utilisables sous leur forme originale. Un article pouvait appeler une plante par un nom qui n'est plus utilisé, tandis qu'un autre pouvait décrire un traitement pour un mal d'estomac d'une manière difficile à comparer avec un traitement pour une indigestion dans un autre article. Pour corriger cela, l'équipe a extrait manuellement chaque rapport de l'utilisation d'une plante pour un usage spécifique. Ils n'ont pas combiné ces rapports, même si deux études différentes mentionnaient la même plante pour la même maladie ; au contraire, ils ont conservé chaque rapport comme une entrée séparée afin de préserver l'histoire unique de l'endroit et de la manière dont cette information spécifique a été trouvée.

Une fois les données brutes collectées, l'équipe a commencé le travail de standardisation, qui est le processus consistant à rendre tout cohérent. D'abord, ils se sont penchés sur les noms des plantes. Ils ont utilisé des bases de données mondiales de noms de plantes pour vérifier l'identité scientifique correcte de chaque espèce mentionnée. Si une étude utilisait un ancien ou un nom incorrect, les chercheurs notaient le nom d'origine pour plus de précision, mais ajoutaient le nom scientifique actuellement accepté afin que la plante puisse être correctement identifiée par quiconque lit la base de données aujourd'hui. Ils ont également organisé les plantes en familles et en genres, créant une structure taxonomique claire. Ensuite, ils se sont tournés vers les raisons pour lesquelles ces plantes étaient utilisées. Ils ont pris les milliers de façons différentes dont les gens décrivaient leurs symptômes et leurs traitements et les ont regroupées dans une liste contrôlée de termes standards. Par exemple, si une étude disait qu'une plante était utilisée pour les « ballonnements » et une autre pour les « gaz », les chercheurs les ont regroupées sous une seule catégorie claire.

Une partie cruciale de cette standardisation impliquait de lier ces usages traditionnels à la Classification Internationale des Maladies, un système utilisé par les professionnels de la médecine à travers le monde pour catégoriser les maladies. Pour les dossiers de santé humaine, les chercheurs ont fait correspondre les usages traditionnels à ce système. Cela ne signifie pas qu'ils prétendaient que ces remèdes traditionnels sont des remèdes prouvés au sens de la médecine moderne. Cela signifie plutôt qu'ils ont créé un pont permettant aux chercheurs de voir comment les descriptions traditionnelles des symptômes s'alignent sur les catégories médicales standards. Par exemple, un remède traditionnel pour un « rhume » pourrait être lié à la catégorie médicale standard des infections respiratoires. Cela permet une comparaison plus facile avec d'autres données médicales. Pour les dossiers concernant les animaux, que les chercheurs ont également inclus, ils ont utilisé un ensemble distinct de catégories puisque le système médical pour les humains ne s'applique pas aux cas vétérinaires.

La version finale de la base de données contient 4 384 enregistrements individuels. Ces enregistrements couvrent 826 espèces de plantes différentes, représentant 98 familles de plantes et 361 genres. La grande majorité de ces enregistrements, soit plus de 4 200, décrivent comment les plantes sont utilisées pour traiter les maux humains, tandis qu'un nombre plus restreint mais significatif, 163 enregistrements, décrivent comment les plantes sont utilisées pour traiter les animaux. Les chercheurs ont constaté que certaines familles de plantes apparaissent beaucoup plus souvent que d'autres. La famille de la menthe, connue scientifiquement sous le nom de Lamiaceae, était le groupe le plus fréquemment mentionné, suivie de la famille des roses et de la famille des asters. Au niveau des espèces individuelles, l'ortie était la plante la plus citée, apparaissant dans 132 rapports distincts, suivie par le plantain commun et l'églantier.

En examinant ce que les gens cherchaient à traiter, les données ont révélé une large gamme d'usages. L'indication standardisée la plus courante était le diabète, suivie de la cicatrisation des plaies, de la toux et du rhume. Cependant, une grande partie des enregistrements tombait dans une catégorie large pour les symptômes et signes généraux qui ne s'insèrent pas nettement dans une maladie spécifique. Cela souligne que la médecine traditionnelle traite souvent des sensations générales de malaise ou des symptômes spécifiques plutôt que de simples maladies nommées. La distribution géographique de ces enregistrements était également inégale. La province de Düzce a contribué au plus grand nombre de rapports, suivie d'Erzurum et de Bingöl. Les chercheurs ont noté que cette irrégularité reflète l'endroit où les études originales ont été menées, et non nécessairement l'endroit où l'usage des plantes médicinales est le plus courant dans tout le pays.

La création de cette base de données a été guidée par un ensemble de principes connus sous le nom de FAIR, qui signifie Facile à trouver (Findable), Accessible, Interopérable et Réutilisable (Reusable). L'objectif était de s'assurer que ces données puissent être facilement trouvées par quiconque, accédées sans barrières inutiles, combinées avec d'autres ensembles de données et réutilisées pour de nouvelles recherches. Pour y parvenir, la base de données est hébergée sur une plateforme publique où chacun peut rechercher des plantes ou des traitements spécifiques. Cependant, pour protéger les informations de localisation détaillées de ces pratiques traditionnelles contre l'extraction par des systèmes automatisés, la liste complète des données ne peut pas être téléchargée en un seul gros lot. Au lieu de cela, les chercheurs qui ont besoin de l'ensemble du jeu de données doivent en faire la demande, garantissant ainsi que les données sont utilisées de manière responsable. La base de données est également sous licence libre, ce qui signifie que quiconque peut utiliser les informations pour ses propres travaux tant qu'il cite les créateurs originaux.

Les chercheurs ont veillé à définir les limites de leur travail. Ils ont exclu les thèses de master et les doctorats pour garantir que le matériel source soit cohérent et évalué par des pairs, même si cela signifiait laisser de côté certains travaux de terrain précieux. Ils ont également précisé que cette base de données n'est pas une histoire complète de toute l'ethnobotanique turque ; c'est un instantané des études publiées entre 2018 et 2020. L'équipe n'a pas vérifié les plantes elles-mêmes sur le terrain, ni testé si les remèdes fonctionnent réellement. Leur tâche consistait à organiser et clarifier les rapports existants, et non à valider les affirmations médicales. Ils ont reconnu que la qualité des études originales variait et que certaines ambiguïtés dans les rapports ne pouvaient être pleinement résolues. Ces incertitudes ont été documentées afin que les futurs utilisateurs sachent exactement ce qu'ils consultent.

Ce projet représente une étape importante dans la gestion et le partage des connaissances traditionnelles. En rassemblant des rapports dispersés dans un format standardisé unique, la Base de données ethnomédicinale turque permet une vision plus claire de la relation entre les personnes et les plantes en Turquie. Elle constitue un fondement pour la recherche future, permettant aux scientifiques de comparer les résultats à travers différentes régions et périodes de temps. La base de données est conçue pour croître ; les chercheurs prévoient d'ajouter des études d'autres années à l'avenir, élargissant l'archive pour couvrir une période plus vaste. Pour l'instant, elle témoigne de la valeur de l'organisation de l'information, transformant une collection de faits isolés en une ressource cohérente qui peut nous aider à comprendre le rôle durable de la nature dans la santé humaine.