Molecular investigation of coronavirus and Leptospira spp. in bats (Chiroptera, Mammalia) from Brazil

La surveillance invisible du quartier

Imaginez le monde naturel comme une immense ville bouillonnante où chaque espèce animale est un quartier différent. Certains quartiers sont célèbres pour leur vie nocturne, tandis que d'autres sont des banlieues calmes. Dans cette ville, il existe de minuscules locataires invisibles appelés agents pathogènes — des virus et des bactéries qui peuvent parfois passer d'un quartier à un autre, causant des problèmes aux humains. C'est le monde des « maladies zoonotiques », un terme sophistiqué pour désigner les maladies qui commencent chez les animaux et font le saut vers nous.

L'un des quartiers les plus mystérieux et diversifiés de cette ville est la communauté des chauves-souris. Les chauves-souris sont comme les grands voyageurs du règne animal ; elles volent, vivent en de grands groupes et possèdent des métabolismes ultra-rapides. En raison de ces traits uniques, les scientifiques les considèrent comme des « réservoirs » naturels, ce qui revient à dire qu'elles sont les principaux casiers de stockage où de nombreux agents pathogènes gardent leurs clés. Deux « locataires » spécifiques ont fait la une de l'actualité récemment : les coronavirus (la famille de virus qui comprend les virus de type grippal et ceux qui ont causé les récentes pandémies mondiales) et Leptospira (un type de bactérie qui peut provoquer des maladies graves si elle pénètre dans notre eau ou notre nourriture). Comme les chauves-souris sont très douées pour transporter ces auto-stoppeurs invisibles, les scientifiques doivent garder un œil attentif sur elles pour s'assurer qu'aucun nouveau problème ne couve. C'est là qu'intervient le concept de « One Health » (Une seule santé) : l'idée que la santé des personnes, des animaux et de l'environnement est liée, comme un tabouret à trois pieds. Si un pied vacille, tout l'ensemble s'effondre.

La grande traque des détectives de la chauve-souris au Brésil

Dans cette étude récente, une équipe de scientifiques de l'Université de l'État de São Paulo, au Brésil, a décidé de jouer les détectives dans le nord-ouest de leur État. Ils voulaient voir si les chauves-souris locales hébergeaient actuellement des coronavirus ou des bactéries Leptospira. Considérez cela comme un « contrôle ponctuel » ou une inspection aléatoire de la population de chauves-souris pour voir si les casiers de stockage étaient actuellement remplis de ces agents pathogènes spécifiques.

Les chercheurs n'ont pas seulement observé une ou deux chauves-souris ; ils ont recueilli des échantillons de 98 chauves-souris différentes représentant 18 espèces différentes. Ces chauves-souris ont été capturées entre 2019 et 2024 dans 8 villes différentes de la région. La plupart de ces chauves-souris ont été trouvées parce qu'elles avaient été amenées pour un contrôle de routine de la rage (un autre virus très grave), les scientifiques ont donc obtenu une chance supplémentaire d'examiner d'autres germes. Ils ont prélevé de minuscules échantillons dans les intestins des chauves-souris (pour vérifier la présence de coronavirus) et dans leurs reins (pour vérifier la présence de Leptospira). C'est comme vérifier l'estomac d'une personne pour un virus intestinal et ses reins pour une autre infection.

Pour trouver les germes, les scientifiques ont utilisé un outil moléculaire de haute technologie appelé PCR. Vous pouvez voir cela comme une photocopieuse qui cherche une page spécifique dans un livre. Si le livre (l'ADN ou l'ARN de la chauve-souris) contient la page spécifique (le gène du virus ou de la bactérie), la machine en fait des millions de copies pour qu'elle puisse être vue. Si la machine ne trouve pas la page, elle reste silencieuse.

La grande découverte :
Après avoir effectué les tests, le résultat fut un peu surprenant mais très clair : zéro succès.

• Sur les 97 échantillons intestinaux testés pour les coronavirus, aucun ne présentait de signes du virus.
• Sur les 94 échantillons rénaux testés pour Leptospira, aucun ne présentait de signes de la bactérie.

Les scientifiques ont été très prudents en précisant que cela ne signifie pas que les chauves-souris sont 100 % exemptes de germes pour toujours. C'est plutôt comme prendre une photo d'une rue animée à 3 heures du matin ; vous pourriez ne pas voir de voitures, mais cela ne signifie pas que la rue est vide toute la journée. L'étude présentait quelques limites :

1. Le « Qui » était biaisé : La plupart des chauves-souris qu'ils ont trouvées appartenaient à une seule famille appelée Molossidae (chauves-souris à queue libre), qui représentait 85,7 % de leur capture. La famille la plus célèbre pour transporter des coronavirus au Brésil, les Phyllostomidae (chauves-souris à nez de feuille), était très peu représentée, ne constituant que 8,2 % de l'échantillon.
2. Le « Où » était concentré : Près des deux tiers des chauves-souris (63,3 %) provenaient d'une seule ville, Araçatuba. Cela est dû au fait que c'est là que se trouvait le laboratoire, et non pas nécessairement parce que toutes les chauves-souris vivent là.
3. Le « Quand » était un instantané : Ils n'ont vérifié les chauves-souris qu'au moment où elles étaient capturées. Comme ces germes peuvent apparaître et disparaître, un contrôle unique pourrait passer à côté s'il n'était pas en train d'éliminer le virus ou la bactérie à cet instant précis.

Les chercheurs ont comparé leurs résultats à d'anciens registres de la même zone. Par le passé, des scientifiques avaient trouvé des coronavirus dans les mêmes types de chauves-souris qu'ils ont capturées cette fois-ci. Ainsi, le fait qu'ils n'aient rien trouvé cette fois-ci suggère que le virus pourrait être très rare dans ces populations de chauves-souris urbaines en ce moment, ou que la manière dont ils ont capturé les chauves-souris (principalement dans des bâtiments en ville) n'était pas la meilleure méthode pour le trouver.

De même, bien que d'autres parties du Brésil aient trouvé des Leptospira chez les chauves-souris, cette région spécifique du nord-ouest de São Paulo n'a montré aucun signe de la bactérie dans cette étude. Les scientifiques suggèrent que la bactérie pourrait ne pas être commune là-bas, ou que la manière dont ils ont collecté les échantillons (à partir de chauves-souris trouvées en ville plutôt que capturées dans la nature avec des filets) a rendu la recherche plus difficile.

L'essentiel à retenir :
Ce document ne prouve pas que ces germes ont disparu de la zone. Au contraire, il suggère que dans ce coin spécifique de São Paulo, durant cette période spécifique, les chauves-souris qu'ils ont contrôlées ne possédaient pas ces deux agents pathogènes précis. Les auteurs soutiennent que nous ne devrions pas cesser de surveiller. Ce n'est pas parce que la « photocopieuse » n'a pas trouvé de page cette fois-ci que le livre est vide. Ils pensent qu'il faut continuer à effectuer ces contrôles, mais qu'il faut capturer davantage de types différents de chauves-souris (en particulier les chauves-souris à nez de feuille) et observer plus d'endroits pour obtenir une image complète de ce qui se passe dans la nature. C'est un rappel que dans le jeu du « One Health », nous devons garder les yeux grands ouverts, même lorsque les résultats immédiats sont calmes.