Two decades of changing Enterococcus epidemiology and antimicrobial susceptibility in a Brazilian tertiary university hospital, 2002–2023

Dans les recoins tranquilles de chaque corps humain, particulièrement au sein du tube digestif, vivent de vastes communautés de bactéries qui, d'ordinaire, ne causent aucun mal. Parmi ces résidents se trouvent les entérocoques, des organismes microscopiques qui font partie de notre flore naturelle. Cependant, lorsque ces bactéries quittent leur demeure habituelle pour pénétrer dans l'environnement stérile d'un hôpital, elles peuvent se transformer de voisines inoffensives en envahisseurs dangereux. Les hôpitaux sont des lieux où les personnes sont déjà affaiblies par la maladie, où leurs systèmes immunitaires sont compromis et où elles sont fréquemment exposées à de puissants médicaments conçus pour tuer les germes. Dans cet environnement à enjeux élevés, les bactéries font face à une pression intense pour survivre. Celles qui parviennent à résister aux médicaments utilisés pour les combattre sont celles qui persistent, se multiplient et se propagent. Cette capacité à s'adapter et à résister au traitement est une préoccupation majeure pour les médecins, car lorsque les médicaments courants cessent de fonctionner, les infections deviennent beaucoup plus difficiles à guérir, entraînant des séjours hospitaliers plus longs et un risque de décès plus élevé.

Pendant vingt-deux ans, des chercheurs d'un grand hôpital universitaire du sud du Brésil ont observé cette bataille se dérouler. Ils ont suivi le comportement des entérocoques chez leurs patients, cherchant des modèles dans la manière dont ces bactéries changeaient au fil du temps. L'hôpital, situé dans la ville de Londola, sert de centre d'enseignement régional, ce qui signifie qu'il traite une grande variété de cas complexes, allant des chirurgies de routine aux soins critiques pour les patients les plus gravement malades. Les scientifiques ont recueilli des données provenant de milliers d'échantillons de patients, séparant les bactéries en deux groupes principaux : Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium. Bien que les deux espèces soient capables de provoquer des infections, elles se comportent différemment. Les chercheurs voulaient savoir quelle espèce était la plus commune, où elles se trouvaient dans l'hôpital, quels patients elles affectaient et, surtout, si les bactéries devenaient plus difficiles à traiter avec les médicaments sur lesquels les médecins comptent.

L'étude a débuté en examinant chaque test de culture positif pour ces bactéries, effectué sur des patients hospitalisés entre 2002 et 2023. Après avoir soigneusement éliminé les doublons et les cas où les bactéries ne pouvaient être pleinement identifiées, l'équipe s'est retrouvée avec une image claire de 6 283 infections uniques. La première chose qu'ils ont remarquée est qu'une espèce, E. faecalis, était bien plus commune que l'autre, représentant près de quatre infections sur cinq trouvées. La seconde espèce, E. faecium, était moins fréquente mais apparaissait dans des situations plus dangereuses. Lorsque les chercheurs ont examiné où les bactéries se trouvaient dans le corps, l'urine était la source la plus commune pour les deux types, suivie par le sang. Cependant, l'histoire changeait lorsqu'ils examinaient la gravité de la maladie. Alors que E. faecalis était trouvé chez de nombreux patients dans les services généraux de l'hôpital, E. faecium était de manière disproportionnée trouvé dans les unités de soins intensifs, là où sont traités les patients les plus gravement atteints.

Le sort des patients différait également radicalement entre les deux groupes. Les patients infectés par E. faecalis étaient plus susceptibles d'être autorisés à sortir et de rentrer chez eux, tandis que ceux infectés par E. faecium faisaient face à un risque de décès beaucoup plus élevé pendant leur hospitalisation. Les données ont montré que près de la moitié des patients présentant des infections à E. faecium ne survivaient pas, contre environ un quart de ceux présentant des infections à E. faecalis. Ce schéma restait vrai même en tenant compte du fait que E. faecium était plus susceptible d'être trouvé chez des patients plus âgés et en soins critiques. Les chercheurs ont également observé que le nombre d'infections a augmenté de manière significative ces dernières années, atteignant un sommet en 2021 et 2022, une période qui a coïncidé avec la pression mondiale exercée sur les systèmes de santé pendant la pandémie.

La découverte la plus critique de l'étude concernait la réponse des bactéries aux antibiotiques. Les médecins utilisent une variété de médicaments pour combattre ces infections, mais les bactéries apprennent à y résister. Pour E. faecium, la résistance aux médicaments puissants comme la vancomycine avait été élevée depuis longtemps, restant obstinément élevée tout au long de ces vingt-deux années. Cependant, la situation avec E. faecalis a changé de manière spectaculaire. Dans les premières années de l'étude, seule une petite fraction des infections à E. faecalis présentait une résistance à la vancomycine. Mais dans les dernières années de l'étude, cette résistance a bondi, atteignant un niveau presque quatre fois plus élevé qu'auparavant. Cela signifie qu'un médicament qui était autrefois une option de secours fiable pour traiter E. faecalis devient beaucoup moins efficace. Bien que la résistance à un autre médicament appelé linézolide soit restée faible pour les deux espèces, la hausse de la résistance à d'autres antibiotiques courants, tels que ceux utilisés pour les infections urinaires, était également évidente.

Les chercheurs ont conclu que, bien que E. faecalis reste le type d'entérocoque le plus commun trouvé à l'hôpital, E. faecium est le plus dangereux, causant plus de décès et apparaissant plus souvent chez les patients les plus critiques. L'étude met en lumière un changement inquiétant dans la microbiologie hospitalière : les bactéries les plus communes deviennent de plus en plus résistantes au traitement, rattrapant ainsi l'espèce E. faecium qui est déjà difficile à traiter. Ce changement suggère que les règles de traitement de ces infections devront peut-être être réécrites. L'équipe a souligné que les hôpitaux doivent surveiller de près ces bactéries, non seulement pour les compter, mais pour comprendre quelle espèce cause des problèmes et à quel point elle est devenue résistante. Sans cette vigilance constante, les médecins pourraient se retrouver à combattre des infections avec des armes de plus en plus rares et efficaces, laissant les patients vulnérables avec de moins en moins d'options pour leur rétablissement.