Two decades of changing Enterococcus epidemiology and antimicrobial susceptibility in a Brazilian tertiary university hospital, 2002–2023

あらゆる人間の体の静かな隅々に、特に消化管の中には、通常は害を及ぼさない膨大な細菌のコミュニティが住んでいます。これらの居住者の中には、私たちの自然なフローラの一部であるエンテロコッカス（腸球菌）が含まれています。しかし、これらの細菌がいつもの住処を離れ、病院という無菌環境に入り込むと、無害な隣人から危険な侵略者へと変貌することがあります。病院は、人々がすでに病気によって弱っており、免疫系が損なわれ、さらに細菌を殺すために設計された強力な薬に頻繁にさらされている場所です。この極限の環境において、細菌は生き残るための激しい圧力に直面します。治療に使われる薬に耐性を持つものだけが、生き残り、増殖し、広がっていくのです。このような適応能力と治療への耐性は、医師にとって大きな懸念事項です。なぜなら、一般的な薬が効かなくなると、感染症の治療が非常に困難になり、入院期間の長期化や死亡リスクの上昇につながるからです。

ブラジル南部の大型大学病院の研究者たちは、22年間にわたり、この戦いの展開を見守ってきました。彼らは患者におけるエンテロッカスの挙動を追跡し、これらの細菌が時間の経過とともにどのように変化したか、そのパターンを調査しました。この病院は、ロンドリーナ市に位置する地域教育センターであり、日常的な手術から最も重篤な患者のクリティカルケアまで、多種多様で複雑な症例を扱っています。科学者たちは数千の患者サンプルからデータを収集し、細菌を「エンテロコッカス・フェカリス（E. faecalis）」と「エンテロコッカス・フェシウム（E. faecium）」という2つの主要なグループに分類しました。どちらも感染を引き起こす能力がありますが、その挙動は異なります。研究者たちは、どちらの種がより一般的か、病院のどこで見つかるのか、どのような患者に影響を与えるのか、そして最も重要なこととして、細菌が医師が頼りにしている薬に対して治療がより困難になってきているのかどうかを知りたいと考えました。

研究は、2002年から2023年の間に入院患者から採取された、これらの細菌に関するすべての陽性培養検査結果を調べることから始まりました。重複したサンプルや細菌を完全に特定できなかったケースを慎重に取り除いた結果、チームの手元には6,283件のユニークな感染事例という明確な姿が残りました。まず気づいたことは、一方の種であるE. faecalisがもう一方の種よりもはるかに一般的であり、見つかった感染の約5分の4を占めていることでした。二番目の種であるE. faeciumは頻度は低いものの、より危険な状況で出現していました。研究者が体内のどこに細菌が見られるかを調べたところ、両方のタイプにおいて尿が最も一般的な発生源であり、次いで血液でした。しかし、病状の重症度に着目すると、物語は変わりました。E. faalisは一般病棟の多くの患者に見られましたが、E. faeciumは、最も重篤な患者が治療を受ける集中治療室（ICU）において不釣り合いに多く見られました。

患者の運命も、これら2つのグループ間で大きく異なりました。E. faecalisに感染した患者は退院して帰宅できる可能性が高い一方で、E. faeciumに感染した患者は、入院中の死亡リスクが大幅に高くなっていました。データによれば、E. faeciumの感染患者の約半数が生存できなかったのに対し、E. faecalisの感染患者では約4分の1にとどまりました。このパターンは、E. faeciumが高齢者やクリティカルケアを受けている患者に多く見られるという事実を考慮しても、同様の結果となりました。また、研究者たちは、感染者数が近年著しく増加しており、パンデミックによる世界的なヘルスケアシステムへの負荷と時期を同じくする2021年と2022年にピークに達したことも観察しました。

研究における最も重要な発見はおそらく、細菌が抗生物質に対してどのように反応しているかに関するものでした。医師はこれらの感染症と戦うために様々な薬を使用していますが、細菌はそれらに耐性を持つことを学習してきました。E. faeciumの場合、バンコマイシンのような強力な薬に対する耐性は長い間高く、22年間の調査期間を通じて一貫して高い状態にありました。しかし、E. faecalisの状況は劇的に変化しました。研究の初期段階では、バンコマイシンに耐性を持つE. faecalisの感染はごくわずかでした。しかし、研究の最終数年間では、この耐性が急増し、以前の4倍近いレベルに達しました。これは、かつてE. faecalisの治療における信頼できるバックアップであった薬が、現在では非常に効果的ではなくなりつつあることを意味します。リネゾリドと呼ばれる別の薬に対する耐性は両方の種ともに低く保たれていましたが、尿路感染症などに用いられる他の一般的な抗生物質に対する耐性の増加も顕著でした。

研究者たちは、E. faecalisは病院で見つかる最も一般的なエンテロコッスの種類であり続ける一方で、E. faeciumはより危険な存在であり、より多くの死を招き、より重篤な患者に頻繁に現れると結論付けました。この研究は、病院の微生物学における懸念すべき変化を浮き彫りにしています。つまり、最も一般的な細菌が治療に対してますます耐性を強めており、すでに治療が困難なE. faeciumに追いつこうとしているということです。この変化は、これらの感染症の治療ルールを書き換える必要があるかもしれないことを示唆しています。チームは、病院はこれらの細菌を単にカウントするだけでなく、どの種が問題を起こしているのか、そしてそれがどの程度耐性を持っているのかを理解するために、注意深く監視し続けなければならないと強調しました。この絶え間ない警戒がなければ、医師は感染症と戦うための有効な武器をますます失い、脆弱な患者たちの回復の選択肢が少なくなってしまうことになるのです。